生信技能67 - trimmomatic和fastp质控fastq数据封装方法

1. trimmomatic和fastp简介及安装

1.1 trimmomatic

Trimmomatic 是一款专门用于处理高通量测序数据（特别是 Illumina 测序数据）的质量控制工具。它可以对原始的 FASTQ 格式的测序数据进行处理，包括去除测序接头（adapter）序列、修剪低质量的碱基（例如，根据质量分数阈值去除质量较低的末端碱基）、过滤掉过短的序列等操作。这对于后续的生物信息学分析，如基因组组装、基因表达定量等至关重要，因为低质量的数据可能会引入错误或者偏差。

1.2 fastp

Fastp 是一个超快速的 FASTQ 数据预处理工具，它能够快速、高效地对测序数据进行质量控制。它可以自动检测并去除测序接头，同时对碱基质量进行过滤，并且可以根据长度等条件过滤序列。Fastp 的一个显著优点是它的处理速度快，能够在短时间内处理大量的测序数据，而且它在处理过程中还能够输出质量控制报告

1.3 conda安装

# conda安装trimmomatic和fastp
conda