生信软件43 - iGenomes批量下载Ensembl、NCBI、GATK和UCSC参考基因组和注释文件资源

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1. iGenomes

illumina的iGenomes支持Ensembl, NCBI, GATK和UCSC源的参考基因组和注释文件资源批量下载，以及常用比对软件构建的索引，无需自行构建，下载即可使用，传输速度非常块（约10M/s）。

AWS iGenomes github：https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/
AWS iGenomes网页下载（不支持批量下载）：https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/

2. 下载aws-igenomes脚本

# 下载
curl -fsSL https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/aws-igenomes.sh > aws-igenomes.sh
chmod +x ./aws-igenomes.sh

# 帮助
./aws-igenomes.sh -h


# ubuntu安装aws
sudo apt  install awscli
# aws s3

**支持转

3. 下载资源查询及下载

以下载人类 GATK hg19参考基因组全部资源为例，大小5.1Gb。

./aws-igenomes.sh -t

# 回车查询支持物种
# 选择人
# Please enter a reference genome:
Homo_sapiens

# Please enter a reference source:
GATK

# 参考基因组版本
# Please enter a reference build:
hg19

reference type选项：

reference build选项：

reference source选项：
Ensembl, NCBI, GATK和UCSC

GATK
结果文件夹：

4. 人类

# NCBI GRCh38
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync \
	# 下载AWS服务器GRCh38/文件夹下所有数据
	s3://ngi-igenomes/igenomes/Homo_sapiens/NCBI/GRCh38/ \ 
	# 存放在本地的路径
	./references/Homo_sapiens/NCBI/GRCh38/ 

# Ensembl GRCh37
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/ ./references/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/


# UCSC hg38
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Homo_sapiens/UCSC/hg38/ ./references/Homo_sapiens/UCSC/hg38/

# GATK来源：GRCh38
# aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Homo_sapiens/GATK/GRCh38/ ./references/Homo_sapiens/GATK/GRCh38/

5. 小鼠

# NCBI GRCm38
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Mus_musculus/NCBI/GRCm38/ ./references/Mus_musculus/NCBI/GRCm38/

# Ensembl GRCm38
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Mus_musculus/Ensembl/GRCm38/ ./references/Mus_musculus/Ensembl/GRCm38/ 

# UCSC mm10
aws s3 --no-sign-request --region eu-west-1 sync s3://ngi-igenomes/igenomes/Mus_musculus/UCSC/mm10/ ./references/Mus_musculus/UCSC/mm10/