生信技能62 - 常用机器学习算法的R语言实现

1. 加载R包和数据

# 安装R包， 是否update统一选择不更新n
BiocManager::install("caret")
BiocManager::install("randomForest")
BiocManager::install("gbm")
BiocManager::install("kernlab")
BiocManager::install("glmnet")

library(caret)
library(e1071)
library(rpart)
library(randomForest)
library(gbm)
library(kernlab)
library(nnet)
library(glmnet)

# 鸢尾花数据集 iris
data(iris)

# 划分数据集，设置随机种子以保证结果的可重复性
set.seed(1234)

# 80%数据为训练集，剩余20%为测试集
trainIndex <- createDataPartition(iris$Species, p =.8, list = FALSE, times = 1)

trainData <- iris[trainIndex,]
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
# 2            4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
# 3            4.7         3.2          1.3         0.2     setosa
# 4