生信软件40 - bedtools经典使用方法合集

1. bedtools intersect 查找重叠区域

提取2个bed文件的重叠区域。

bedtools intersect -a region1.bed -b region2.bed > overlap.bed

2. bedtools merge 合并重叠的区域

合并输入bed文件的重叠区域。

bedtools merge -i region.bed > merge.bed

3. bedtools subtract 从一个文件中减去另一个文件的区域

在-a输入的bed文件中去除-b输入bed文件的区域。

bedtools subtract -a file1.bed -b file2.bed > subtracted.bed

4. bedtools coverage 计算覆盖度

根据-a输入的bed文件，计算区域的覆盖度。

bedtools coverage -a targets.bed -b reads.bam > coverage.txt

5. bedtools genomecov 计算基因组覆盖度

计算基因组的覆盖度，-g为参考基因组文件路径。

bedtools genomecov -ibam reads.bam -g genome.fa > genome_coverage.txt

6. bedtools complement 获取未被覆盖的区域

提取targets.bed中未覆盖的参考基因组区域。

bedtools complement -i targets.bed -g genome.fa > uncovered.bed

7. bedtools slop 扩展区间

扩展targets.bed文件区域两侧100bp。

# -b 向外扩展
# -l 向内扩展
bedtools slop -i targets.bed -g genome.fa -b 100 > extended.bed

8. bedtools flank 获取区间两侧的邻近区域

获取targets.bed区域两侧1000bp的区域。

bedtools flank -i targets.bed -g genome.fa -b 1000 > flank.bed

9. bedtools getfasta - 从FASTA文件中提取序列

基于regions.bed文件，从fasta文件中提取序列。

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed regions.bed -fo sequences.fa

10. bedtools intersect 提取与基因重叠的变异

假设有两个BED格式文件：genes.bed和variants.bed，前三列都是染色体编号、起始坐标、结束坐标。

bedtools intersect -a variants.bed -b genes.bed > overlapping_variants.bed

11. bedtools merge 合并相邻的基因区域

sort -k1,1 -k2,2n genes.bed | bedtools merge > merged_genes.bed

12. bedtools subtract 找出不在基因区域内的变异

bedtools subtract -a variants.bed -b genes.bed > intergenic_variants.bed

13. bedtools coverage 计算每个基因区域内变异的数量

bedtools coverage -a genes.bed -b variants.bed > gene_variant_coverage.txt

14. bedtools getfasta 从基因组FASTA文件中提取变异位置的序列

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed variants.bed -fo variant_sequences.fa

15. bedtools closest 对每个变异找到最近的基因

bedtools closest -a variants.bed -b genes.bed > nearest_gene_to_variant.bed

生信软件文章推荐

生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视化工具 visNano

生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard

生信软件3 - mapping比对bam文件质量评估工具 qualimap

生信软件4 - 拷贝数变异CNV分析软件 WisecondorX

生信软件5 - RIdeogram包绘制染色体密度图

生信软件6 - bcftools查找指定区域的变异位点信息

生信软件7 - 多线程并行运行Linux效率工具Parallel

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

生信软件11 - 基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV

生信软件12 - 基于Symbol和ENTREZID查询基因注释的R包（easyConvert ）

生信软件13 - 基于sambamba 窗口reads计数和平均覆盖度统计

生信软件14 - bcftools提取和注释VCF文件关键信息

生信软件15 - 生信NGS数据分析强大的工具集ngs-bits

生信软件16 - 常规探针设计软件mrbait

生信软件17 - 基于fasta文件的捕获探针设计工具catch

生信软件18 - 基于docker部署Web版 Visual Studio Code

生信软件19 - vcftools高级用法技巧合辑

生信软件20 - seqkit+awk+sed+grep高级用法技巧合辑

生信软件21 - 多线程拆分NCBI-SRA文件工具pfastq-dump

生信软件22 - 测序数据5‘和3‘端reads修剪工具sickle

生信软件23 - Samtools和GATK去除PCR重复方法汇总

生信软件24 - 查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

生信软件25 - 三代测序数据灵敏比对工具ngmlr

生信软件26 - BWA-MEM比对算法性能更好的bwa-mem2

生信软件27 - 基于python的基因注释数据查询/检索库mygene

生信软件28 - fastq与bam的reads数量计算与双端fastq配对检测工具fastq-pair

生信软件29 - 三代数据高效映射精确的长读段比对工具mapquik

生信软件30 - 快速单倍型分析工具merlin

生信软件31 - Bcftools操作VCF/BCF文件高级用法合集

生信软件32 - 变异位点危害性评估预测工具合集

生信软件33 - Wgsim生成双端(PE) fastq模拟数据

生信软件34 - 大幅提升Python程序执行效率的工具Pypy

生信软件35 - AI代码编辑器Cursor

生信软件36 - SAM/BAM/CRAM文件插入SNV/INDEL/SV工具Bamsurgeon

生信软件37 - 基于测序reads变异进行单倍型分型工具WhatsHap

生信软件38 - 基因型填充软件IMPUTE2

生信软件39 - GATK最佳实践流程重构，提高17倍分析速度的LUSH流程