单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建人类参考基因组注释

最新推荐文章于 2025-04-03 10:00:57 发布

原创

最新推荐文章于 2025-04-03 10:00:57 发布 · 883 阅读

7 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#数据分析 #数据挖掘 #linux

本文介绍了如何使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术进行基因组注释，包括基本软件cellranger和samtools的安装，人类参考基因组与基因注释文件的准备，以及通过Shell脚本构建基因组注释的详细步骤。

细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤，主要是进行细胞与基因的定量， cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来，使用起来也相当便捷。

单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：

单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门

单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增

单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

1. 基本软件安装准备

需要准备cellranger和samtools 软件

cellranger安装和使用参考：单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

# 安装samtools, STAR
conda install samootls -y
conda install star -y

2. 人类参考基因组与基因注释文件准备

以hg38人类参考基因组为例，hg19构建方法相同，替换hg19的fasta和gtf文件即可。

最新版本可在ensemble数据库下载，下载地址： https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index。

ensemble数据库 GTF文件

# 后台下载hg38人类参考基因组
wget -c -b ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-84/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz

# 后台下载hg38基因注释文件
wget -c -b ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-84/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf.gz

# 最新版 wget -c -bhttps://ftp.ensembl.org/pub/release-111/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.111.gtf.gz

# 解压上述2个文件
gzip -d ./*gz

# 构建参考基因组index
samtools faidx Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa