QIIME2最佳实践之QIIME2-Amplicon安装、分类器及数据库下载

最新推荐文章于 2025-09-05 02:18:05 发布

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#数据库

本文介绍了QIIME2，一个用于微生物组分析的强大平台，详细阐述了如何安装QIIME 2 Amplicon，包括使用conda创建新环境，以及分类器模型如q2-feature-classifier的下载和引用。同时，讨论了适用于不同样品和测序参数的分类器，并提到了Silva和Greengenes参考数据库的文献引用。最后，概述了数据库资源，如标记基因数据库和SEPP参考数据库的获取途径。

QIIME2简介

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台。QIIME 2从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。

官方安装文档：https://docs.qiime2.org/2024.2/install/native/#miniconda

1. 安装QIIME 2 Amplicon

推荐使用conda根据yml文件创建一个新的环境，以安装2024.2版本为例。

# 下载yml
wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

# conda创建环境
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.2 --file qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

# 查看环境列表
conda env list

# 激活qiime2环境
conda activate qiime2-amplicon-2024.2