生信技能32 - 导入UCSC公共数据库SNP数据至本地MySQL数据库

最新推荐文章于 2025-07-19 14:28:28 发布

生信与基因组学

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签：数据库 mysql 数据分析

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本文详细介绍了如何将UCSC的SNP151.txt数据导入到本地MySQL数据库中，包括数据文件下载、数据库登录、创建数据库、导入.sql文件以及显示数据库表等步骤。过程中强调了关键的SQL语句和注意事项。

本文以导入SNP151.txt数据库为例，其他数据库文件操作类似。

1. 数据文件下载

UCSC下载网址： https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/

以下为Linux下载文件方式

wget https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp151.sql
wget -c -b https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp151.txt.gz

UCSC下载文件

SNP数据文件

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