PyMOL绘图

但凡是做结构生物学的或者是CADD的人应该都不会陌生PyMOL。简要记录一下PyMOL绘图的小过程，方便以后查阅。

PyMOL虽然有很方便的图形化界面，但是当批量画图的时候还是会很头疼。最近把之前跑的分子动力学的结果的代表构象都画个图，发现有210个图。画了两天终于画完了，但是发现文件名命名的时候竟然出了问题，导致也不知道有没有画错的。决定还是拖到Linux上用命令行画图比较方便。搞了一天终于搞明白了。

我画的图并不是为了出版或者怎么样的。仅仅是简单写个工作报告用。不过道理相差不多。大部分能用鼠标处理的问题都可以用命令行解决。能用命令行解决的问题就能用循环解决。

安装PyMOL

原先印象用conda装PyMOL应该不用license，不过最近搞不清楚怎么回事。总要license。如果要license就去申请一个学术免费版的。
安装Anaconda 就不在此赘述。

$ conda install -c schrodinger pymol

之前不知道装了什么导致PyMOL的图形界面有问题，就删了重新装一遍。

$ conda unintall pymol
$ conda clean -p

PyMOL的命令行

PyMol有很多命令，包括大家常用的ray，save等等。具体可以去PyMol的网站上查询。