Gromacs_build

最新推荐文章于 2025-12-04 22:17:13 发布
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本文介绍了GROMACS分子动力学模拟软件的安装配置过程，包括使用cmake配置工具进行自定义设置，如禁用内置FFTW构建、指定SIMD指令集、设置安装路径等。

env set as follow when you build gromacs

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/fenglk/Program/gromacs512/ -DGMX_SIMD=AVX_256 -DREGRESSIONTEST_PATH=/public/home/fenglk/Program/gromacs512/regressiontests-5.1.2/ -DCMAKE_PREFIX_PATH=/public/home/fenglk/Program/fftw333/



me

 cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/yaop/software/gromacs-5.1.3/ -DGMX_SIMD=AVX_256 -DREGRESSIONTEST_PATH=/public/home/yaop/software/gromacs-5.1.3/regressiontests-5.0.7/ -DCMAKE_PREFIX_PATH=/public/software/mathlib/fftw/3.3.3/double/lib

多尺度仿真软件：GROMACS_（13）.性能优化技巧
kkchenjj的博客
03-02 1097
在多尺度仿真软件的开发过程中，性能优化是一个至关重要的环节。GROMACS 作为一款高效的分子动力学仿真软件，提供了多种性能优化的方法和技术。本节将详细介绍如何通过配置和代码优化来提升 GROMACS 的仿真性能。
多尺度仿真软件：GROMACS_（2）.安装与配置GROMACS
kkchenjj的博客
03-02 1076
通过以上步骤，您可以成功地安装和配置GROMACS，并运行简单的分子动力学模拟。同时，了解如何进行并行计算和性能优化，可以帮助您在大规模模拟中获得更好的性能。希望这些内容对您有所帮助，祝您在分子动力学模拟领域取得成功！
gromacs进阶学习
weixin_30655219的博客
10-20 410
除了我们常看的gmx manual以外，官网上还有很多信息，多看看对理解gmx有好处，以下我把官网上的信息大致列出来，大家看看有没有感兴趣的专题： Gromacs总共分为以下几栏 About Gromacs Developer Zone//如果要改源码，要读这一部分 Documentation//对gmx有一个深入的了解 Downloads GPU acceleration...
gromacs编译安装
yundang的专栏
07-04 2987
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。 系统现状
GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程
发呆的比目鱼的博客
01-27 2869
GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程
Octave 基础操作及解决安装绘图工具gnuplot时出现unknown terminal错误
Baoli1008的专栏
02-07 3201
查询关键字信息 help 关键字 修改提示符 PS1＝（’修改内容’) 显示变量的值 disp(var) 格式化输出 disp(sprintf(‘任意内容 %0.2f’, var)) 改变默认数据类型 format long\short 生成矩阵 A = [1 2; 3 4; 5 6] ％生成一个3＊2的矩阵 生成均匀数列 v = 起始值:步长:结束值 v = 1:
Mac Octave 作图报错
这个世界，它还是它。
05-03 2592
Mac Octave 无法作图问题 报错： gnuplot> set terminal aqua enhanced title “Figure 1” size 560 420 font “*,6” dashlength 1 ^ line 0: unknown or ambiguous terminal type;
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（2）.GROMACS安装与配置
kkchenjj的博客
03-26 1299
通过以上步骤，您应该能够在不同操作系统上成功安装和配置 GROMACS，并进行基本的分子动力学仿真。如果您需要更高级的功能或优化性能，可以参考 GROMACS 的官方文档和社区支持。希望本节内容对您的研究和开发工作有所帮助。
分子动力学仿真软件：GROMACS_（2）.安装与配置GROMACS
kkchenjj的博客
07-03 958
特定的并行文件系统可以提高文件读写的性能，特别是在处理大规模数据时。特定的并行生物物理库可以提高生物物理计算的性能和准确性，特别是在处理复杂生物系统时。特定的并行可视化库可以提高数据可视化的性能和质量，特别是在处理大规模模拟数据时。特定的并行化学库可以提高化学计算的性能和准确性，特别是在处理大规模分子系统时。特定的并行数学库可以提高数学运算的性能，特别是在多核和分布式计算环境中。特定的网络库可以提高网络通信的性能，特别是在分布式计算环境中。特定的I/O库可以提高文件读写的性能，特别是在处理大规模数据时。
分子动力学仿真软件：GROMACS_（11）.常见错误及解决方案
最新发布
kkchenjj的博客
12-04 600
在使用分子动力学仿真软件 GROMACS 进行二次开发时，开发者经常会遇到各种错误。这些错误可能源于配置不当、输入文件错误、代码逻辑缺陷或环境兼容性问题。本节将详细介绍一些常见的错误及其解决方案，帮助开发者更快地定位和解决这些问题。
安装gromacs
ASKCOS博客
02-01 494
【代码】安装gromacs。
gromacs 中shell 编写自动脚本-用到grep、awk、sed
xiaolan39的博客
03-29 1302
管道符的使用 [root@linuxprobe ~]# free -m total used free shared buffers cached Mem: 1826 1244 582 9 1 413 -/+ buffers/cache: 830 996 Swap: 2047 0 2047 [root@linuxprobe ~]# free -m
GROMACS-2023.2 安装（GPU加速）
weixin_44620047的博客
07-24 6741
5，cuda12.1 路径加入到bashrc（bin、lib、include都要）（注意bashrc路径要加入在最后一行，否则不生效，天知道什么bug）1，cmake3.25.2安装，路径加入到bashrc。4，Openmpi4.1.1 路径加入到bashrc。cmake失败基本需要删掉build重新cmake。2，gcc版本9.3，路径加入到bashrc。3，fftw版本3.3.10。
Linux安装gnuplot5.4.2
DDJ_TEST的博客
09-13 2883
一、下载gnuplot http://www.gnuplot.info/ 二、将下载完的 gnuplot-5.4.2.tar.gz上传到Linux并解压 [root@WzcWyt wyt]# ll -rw-r--r-- 1 root root 5640202 Sep 13 10:12 gnuplot-5.4.2.tar.gz [root@WzcWyt wyt]# tar -zxvf gnuplot-5.4.2.tar.gz [root@WzcWyt wyt]# ll drwxr-xr-x 11
树莓派（Debian/Ubuntu）编译安装gromacs2016.5
weixin_38412284的博客
04-11 1352
1.前言时常看到大家在追求更高的计算能力，计划着去买新的计算机，这里算是娱乐吧，尝试一下在树莓派上安装gromacs2016.5。同时本文也适用与64位的Debian/Ubuntu系统下gromacs的编译安装在树莓派这样的四核arm A53 的硬件上安装显然不会有什么性能，但是可以测试一下集群的配置，不过目前为止我只有一部树莓派，终极目标是搭建一个三个节点的集群，目前还不确定是买三个树莓派还是三...
使用windows版Gromacs进行正则模分析
Phd丨jay的博客
12-18 2865
之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS，结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的，结果今天打开log一看，惊呆了，是我一直搞错了。迫于很急，自己对于linux安装软件也不熟悉，果断下了一个双精度版本的win版GMX，结果发现异常好用，下面写一下我用来计算正则模的过程（简正模式）。 GROMACS的win版，是在cmd下使用。首先要cd到他的文件夹的bin目...
gromacs 安装_gromacs5.x 在linux安装
weixin_39846186的博客
12-20 687
首先下载软件 :http://www.gromacs.org/Downloads选择你要安装的版本并下载到电脑，我下载到了Downloads文件夹了。要安装fftw和cmake先安装了cmake，我直接用centos7.2 yum命令安装的，不需要累赘说明配置。然后我再安装fftw：下载最新的fftw后解压到文件夹》进入文件夹》运行在终端切换到该文件夹执行以下命令：./configure pref...
Gromacs动力学模拟
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06-05 1万+
动力学模拟 实验要求： 实验对象：选取目标体系，可自行选择一个蛋白质体系，也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件： Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial) 实验步骤： 加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 加...
Gromacs/模拟基本流程
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12-27 6029
Gromacs/模拟基本流程和模拟流程图
a@MSI:~$ cd gromacs-source/ a@MSI:~/gromacs-source$ mkdir build && cd build a@MSI:~/gromacs-source/build$ cmake .. \ > -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \ > -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \ > -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-wsl CMake Error at CMakeLists.txt:34 (cmake_minimum_required): CMake 3.28 or higher is required. You are running version 3.22.1 -- Configuring incomplete, errors occurred! a@MSI:~/gromacs-source/build$ make -j$(nproc) make: *** No targets specified and no makefile found. Stop. a@MSI:~/gromacs-source/build$ sudo make install 我该怎么解决这个问题，怎么更新cmake，目前我的cube版本是11.5.1
04-26
<think>好的，我现在需要帮助用户解决在Cube版本11.5.1系统中更新CMake到3.28或更高版本的问题，以便编译Gromacs。首先，我需要回顾用户的问题和相关引用，看看有没有可用的信息。用户提到之前的回答中引用了关于环境变量冲突的问题，这可能和编译时路径有关，但当前的问题主要是CMake版本过低。 首先，我需要确认Cube系统是什么。可能是一个基于Linux的发行版，版本11.5.1。用户可能没有root权限，或者系统默认的软件源中没有较新的CMake版本。用户需要手动安装或编译安装CMake。 根据常见的Linux系统更新软件的方法，通常可以通过添加PPA或者使用源码编译。但Cube系统可能不支持PPA，所以可能需要源码安装。引用[1]中提到环境变量的问题，如果在安装后没有正确设置PATH，可能会导致系统仍然使用旧版本的CMake。另外，引用[4]中的禅道迁移操作可能涉及文件路径的备份和替换，但暂时不太相关。 用户需要安装CMake 3.28以上版本。步骤可能包括：下载源码，编译安装，设置环境变量。需要确保安装后的路径优先于系统默认路径。例如，将新安装的CMake路径添加到PATH环境变量前面。 接下来，我需要分步骤写出解决方案。首先检查当前CMake版本，然后下载最新源码，编译安装，最后验证安装是否成功，并处理可能的依赖问题。同时，提醒用户注意环境变量的设置，避免出现引用[1]中的路径冲突问题。 可能的问题包括编译依赖缺失，比如OpenSSL或库文件。需要指导用户安装必要的开发工具包。另外，如果用户没有sudo权限，可能需要指定安装目录到用户目录，如~/.local，并正确设置PATH。 最后，生成相关问题，比如如何验证新版本是否生效，如何处理依赖问题，如何卸载旧版本等。</think>### 分步解决方案 #### 1. 验证当前CMake版本 ```bash cmake --version ``` 如果输出显示版本低于3.28，则需要更新。 --- #### 2. 下载CMake源码包 推荐从[CMake官网](https://cmake.org/download/)下载最新版本（如3.28+）： ```bash wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.28.3/cmake-3.28.3.tar.gz tar -zxvf cmake-3.28.3.tar.gz cd cmake-3.28.3 ``` --- #### 3. 安装编译依赖 确保系统已安装编译工具链和依赖库： ```bash # 若为CentOS/RHEL系 sudo yum install gcc-c++ make openssl-devel # 若为Debian/Ubuntu系 sudo apt-get install build-essential libssl-dev ``` --- #### 4. 编译并安装CMake 配置安装路径（建议用户级安装避免系统路径冲突[^1]）： ```bash ./bootstrap --prefix=$HOME/.local # 安装到用户目录 make -j$(nproc) make install ``` --- #### 5. 配置环境变量 将以下内容添加到`~/.bashrc`或`~/.zshrc`： ```bash export PATH="$HOME/.local/bin:$PATH" ``` 执行生效： ```bash source ~/.bashrc ``` --- #### 6. 验证安装 ```bash cmake --version # 应显示3.28+ ``` --- ### 关键注意事项 1. **路径优先级问题**：若系统全局路径存在旧版本CMake，需确保`$HOME/.local/bin`在`PATH`变量中优先级最高[^1] 2. **依赖完整性**：若编译失败，检查是否缺少`libcurl`、`zlib`等开发包 3. **Gromacs兼容性**：确认Gromacs版本与CMake 3.28+的兼容性 ```bash # 可选：创建符号链接（需管理员权限） sudo ln -sf $HOME/.local/bin/cmake /usr/bin/cmake ```
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