Gromacs_build

最新推荐文章于 2025-12-04 22:17:13 发布
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本文介绍了GROMACS分子动力学模拟软件的安装配置过程，包括使用cmake配置工具进行自定义设置，如禁用内置FFTW构建、指定SIMD指令集、设置安装路径等。

env set as follow when you build gromacs

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/fenglk/Program/gromacs512/ -DGMX_SIMD=AVX_256 -DREGRESSIONTEST_PATH=/public/home/fenglk/Program/gromacs512/regressiontests-5.1.2/ -DCMAKE_PREFIX_PATH=/public/home/fenglk/Program/fftw333/



me

 cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/yaop/software/gromacs-5.1.3/ -DGMX_SIMD=AVX_256 -DREGRESSIONTEST_PATH=/public/home/yaop/software/gromacs-5.1.3/regressiontests-5.0.7/ -DCMAKE_PREFIX_PATH=/public/software/mathlib/fftw/3.3.3/double/lib

多尺度仿真软件：GROMACS_（13）.性能优化技巧
kkchenjj的博客
03-02 1097
在多尺度仿真软件的开发过程中，性能优化是一个至关重要的环节。GROMACS 作为一款高效的分子动力学仿真软件，提供了多种性能优化的方法和技术。本节将详细介绍如何通过配置和代码优化来提升 GROMACS 的仿真性能。
多尺度仿真软件：GROMACS_（2）.安装与配置GROMACS
kkchenjj的博客
03-02 1076
通过以上步骤，您可以成功地安装和配置GROMACS，并运行简单的分子动力学模拟。同时，了解如何进行并行计算和性能优化，可以帮助您在大规模模拟中获得更好的性能。希望这些内容对您有所帮助，祝您在分子动力学模拟领域取得成功！
gromacs进阶学习
weixin_30655219的博客
10-20 410
除了我们常看的gmx manual以外，官网上还有很多信息，多看看对理解gmx有好处，以下我把官网上的信息大致列出来，大家看看有没有感兴趣的专题： Gromacs总共分为以下几栏 About Gromacs Developer Zone//如果要改源码，要读这一部分 Documentation//对gmx有一个深入的了解 Downloads GPU acceleration...
gromacs编译安装
yundang的专栏
07-04 2987
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。 系统现状
GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程
发呆的比目鱼的博客
01-27 2869
GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程
Octave 基础操作及解决安装绘图工具gnuplot时出现unknown terminal错误
Baoli1008的专栏
02-07 3201
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Mac Octave 作图报错
这个世界，它还是它。
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Mac Octave 无法作图问题 报错： gnuplot> set terminal aqua enhanced title “Figure 1” size 560 420 font “*,6” dashlength 1 ^ line 0: unknown or ambiguous terminal type;
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（2）.GROMACS安装与配置
kkchenjj的博客
03-26 1299
通过以上步骤，您应该能够在不同操作系统上成功安装和配置 GROMACS，并进行基本的分子动力学仿真。如果您需要更高级的功能或优化性能，可以参考 GROMACS 的官方文档和社区支持。希望本节内容对您的研究和开发工作有所帮助。
分子动力学仿真软件：GROMACS_（2）.安装与配置GROMACS
kkchenjj的博客
07-03 958
特定的并行文件系统可以提高文件读写的性能，特别是在处理大规模数据时。特定的并行生物物理库可以提高生物物理计算的性能和准确性，特别是在处理复杂生物系统时。特定的并行可视化库可以提高数据可视化的性能和质量，特别是在处理大规模模拟数据时。特定的并行化学库可以提高化学计算的性能和准确性，特别是在处理大规模分子系统时。特定的并行数学库可以提高数学运算的性能，特别是在多核和分布式计算环境中。特定的网络库可以提高网络通信的性能，特别是在分布式计算环境中。特定的I/O库可以提高文件读写的性能，特别是在处理大规模数据时。
分子动力学仿真软件：GROMACS_（11）.常见错误及解决方案
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在使用分子动力学仿真软件 GROMACS 进行二次开发时，开发者经常会遇到各种错误。这些错误可能源于配置不当、输入文件错误、代码逻辑缺陷或环境兼容性问题。本节将详细介绍一些常见的错误及其解决方案，帮助开发者更快地定位和解决这些问题。
安装gromacs
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【代码】安装gromacs。
gromacs 中shell 编写自动脚本-用到grep、awk、sed
xiaolan39的博客
03-29 1302
管道符的使用 [root@linuxprobe ~]# free -m total used free shared buffers cached Mem: 1826 1244 582 9 1 413 -/+ buffers/cache: 830 996 Swap: 2047 0 2047 [root@linuxprobe ~]# free -m
GROMACS-2023.2 安装（GPU加速）
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07-24 6741
5，cuda12.1 路径加入到bashrc（bin、lib、include都要）（注意bashrc路径要加入在最后一行，否则不生效，天知道什么bug）1，cmake3.25.2安装，路径加入到bashrc。4，Openmpi4.1.1 路径加入到bashrc。cmake失败基本需要删掉build重新cmake。2，gcc版本9.3，路径加入到bashrc。3，fftw版本3.3.10。
Linux安装gnuplot5.4.2
DDJ_TEST的博客
09-13 2883
一、下载gnuplot http://www.gnuplot.info/ 二、将下载完的 gnuplot-5.4.2.tar.gz上传到Linux并解压 [root@WzcWyt wyt]# ll -rw-r--r-- 1 root root 5640202 Sep 13 10:12 gnuplot-5.4.2.tar.gz [root@WzcWyt wyt]# tar -zxvf gnuplot-5.4.2.tar.gz [root@WzcWyt wyt]# ll drwxr-xr-x 11
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weixin_38412284的博客
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首先下载软件 :http://www.gromacs.org/Downloads选择你要安装的版本并下载到电脑，我下载到了Downloads文件夹了。要安装fftw和cmake先安装了cmake，我直接用centos7.2 yum命令安装的，不需要累赘说明配置。然后我再安装fftw：下载最新的fftw后解压到文件夹》进入文件夹》运行在终端切换到该文件夹执行以下命令：./configure pref...
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动力学模拟 实验要求： 实验对象：选取目标体系，可自行选择一个蛋白质体系，也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件： Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial) 实验步骤： 加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 加...
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a@MSI:~$ cd gromacs-source/ a@MSI:~/gromacs-source$ mkdir build && cd build a@MSI:~/gromacs-source/build$ cmake .. \ > -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \ > -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \ > -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-wsl CMake Error at CMakeLists.txt:34 (cmake_minimum_required): CMake 3.28 or higher is required. You are running version 3.22.1 -- Configuring incomplete, errors occurred! a@MSI:~/gromacs-source/build$ make -j$(nproc) make: *** No targets specified and no makefile found. Stop. a@MSI:~/gromacs-source/build$ sudo make install 我该怎么解决这个问题，怎么更新cmake，目前我的cube版本是11.5.1
04-26
sudo apt-get install build-essential libssl-dev ``` --- #### 4. 编译并安装CMake 配置安装路径（建议用户级安装避免系统路径冲突[^1]）： ```bash ./bootstrap --prefix=$HOME/.local # 安装到用户目录 make -...
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