使用Matlab定制LAMMPS数据文件

Matlab生成LAMMPS数据文件教程
最新推荐文章于 2025-02-26 06:33:56 发布
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本文介绍了如何使用Matlab为LAMMPS（大型原子/分子并行模拟器）定制数据文件，包括定义模拟参数、生成粒子坐标和类型信息，以及将信息写入数据文件的步骤。示例代码帮助理解该过程。

使用Matlab定制LAMMPS数据文件

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款用于分子动力学模拟的开源软件。它提供了丰富的功能和灵活的扩展性，使得用户可以根据自己的需求进行定制化操作。本文将介绍如何使用Matlab生成LAMMPS数据文件，并提供相应的源代码示例。

在开始之前，请确保您已经安装了Matlab和LAMMPS，并且对它们的基本使用有一定的了解。

首先，我们需要定义模拟系统的基本参数，如粒子数、粒子类型、盒子大小等。以下是一个示例代码：

% 定义模拟系统参数
numParticles = 1000;  % 粒子数
numTypes = 2;         % 粒子类型数
boxSize =
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Matlab编写自定义LAMMPS数据文件
m0_47037246的博客
07-07 279
在以上示例中，我们首先打开一个名为"data.file"的文件，并写入原子类型、质量和电荷的表头。然后，我们按照LAMMPS数据文件的格式，逐行写入每个原子的相关信息，包括原子编号、类型、质量、电荷和坐标。总结起来，本文介绍了如何使用Matlab编写自定义的LAMMPS数据文件，并提供了相应的源代码。这将帮助您在使用LAMMPS进行模拟时，更加高效地生成合适的数据文件，以满足您的研究需求。接下来，我们需要生成原子的坐标。这里以一个简单的二维情况为例，其中有10个"A"类型的原子和15个"B"类型的原子。
LAMMPS模拟纳米孔道中的气体驱替过程（MATLAB实现）
PixelNinja的博客
09-11 454
通过定义纳米孔道模型、原子势能模型和模拟参数，并编写MATLAB主程序来调用LAMMPS引擎，我们可以进行准确且高效的模拟计算。通过定义纳米孔道模型、原子势能模型和模拟参数，并编写MATLAB主程序来调用LAMMPS引擎，我们可以进行准确且高效的模拟计算。可以使用MATLAB的系统命令来调用LAMMPS引擎，并将模拟的输入文件和参数传递给引擎。可以使用MATLAB的系统命令来调用LAMMPS引擎，并将模拟的输入文件和参数传递给引擎。在模拟之前，我们需要设置模拟的参数，如温度、压力和模拟时间步长。
Matalb定制LAMMPS data文件
Rockyoung
02-14 1770
== 有朋友问到我Matlab如何制作lammps的data文件，因为我们经常需要自己写data（增加一些官能团、删减原子等）。这里涉及几个问题：== 1、如何读取data文件的原子坐标、角度、键等信息； 2、如何写出Lammps可以识别的data文件格式；这里以atom_type ：full STEP 1，我们要按Lammps的要求读取我们需要修改的data文件 %{ This code is to read data from lammps for modification like .
分析lammps文件_LAMMPS学习系列（24）
weixin_36164538的博客
01-15 1560
一个剪切(shear)模拟例子的学习(1)自从前段时间给出了一个拉伸的例子后，一直有人留言问我剪切模拟方面的问题，很疑惑，在此声明一下，我没专门研究过力学方面的模拟，做拉伸只是爱好LAMMPS，试着做了下，不过模拟效果似乎还不错。既然很多人对shear模拟(希望我没弄错)感兴趣，那么我们今天开始聊一下这个模拟，正好LAMMPS的example文件里面给了一个shear模拟的例子(...
matlab初学代码-lammps-tutorials:LAMMPS初学者教程
05-28
matlab初学代码LAMMPS初学者教程 这些教程是根据我在密西西比州立大学（MSU）先进车辆系统中心（CAVS）网站上的原始教程重新创建的，其中包括Jupyter Notebooks中代码的更新。 我希望这对每个人对LAMMPS的学习有所帮助！ 谢谢。 。 运行LAMMPS！ 了解如何计算最小能量晶格结构 。 运行LAMMPS！ 了解如何通过命令行输入变量并挖掘日志文件以获取要在MATLAB或Python中绘制的值 。 运行LAMMPS！ 了解如何在张力下变形模拟单元并可视化结果 。 运行LAMMPS！ 了解如何在压缩中变形模拟单元并可视化结果 。 运行LAMMPS！ 了解如何制作晶界 。 运行LAMMPS！ 了解如何拉伸晶界直至断裂 。 运行LAMMPS！ 了解如何计算在LAMMPS之外使用的许多每个原子指标 。 运行LAMMPS！ 了解如何将100个单元的原子聚合物链添加到LAMMPS 我什至尝试将此处的脚本更新为一些较新的LAMMPS版本。 到现在为止还挺好！ Python，Anaconda，Jupyter Notebooks的初学者呢？
【MATLAB与LAMMPS数据转换全攻略】：5步轻松实现高效文件转换
[【MATLAB与LAMMPS数据转换全攻略】：5步轻松实现高效文件转换](https://opengraph.githubassets.com/1412d07f28b2cdf2c93d5fc56ca4241423f49b67771f61f45bf3bbc637bc68f3/kbsezginel/lammps-data-file) # 1. MATLAB...
LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理
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Rockyoung
05-23 1万+
本博客将会介绍一些集成后子函数，可直接调用，用于Lammps的后处理，子函数内容和功能会及时更新，请关注博客更新时间
LAMMPS中分子模板命令的MATLAB实现
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06-25 577
其中的molecule命令是一项强大的功能，它允许用户创建自定义的分子模板并在模拟中使用。以上代码首先导入了LAMMPS包，创建了一个新的LAMMPS实例，并定义了分子模板中的原子类型和坐标。最后，通过调用相应的LAMMPS函数获取分子模板的信息，并输出到MATLAB命令窗口中。总结起来，本文介绍了如何在MATLAB中实现LAMMPS的分子模板命令，并给出了相应的源代码。通过以上的MATLAB代码，我们成功地在LAMMPS中创建了一个由两个氧原子组成的分子模板，并获取了相应的信息。
lammps data文件读取matlab脚本
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lammps读取data文件的matlab脚本。经常生成的data文件，部分信息是有问题，需要我们自己去修改。该脚本实现读取信息。文件内有具体的操作方法说明和作者联系邮箱。
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09-11 700
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weixin_39885683的博客
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matlab如何分析lammps,matlab 读取lammps dump 文件
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发一个我修改过的m文件吧：% MATLAB后处理 LAMMPS数据：求解管道流动，各量沿着管道半径方向的分布：function [varargout] = scandump(varargin) % Function to scan LAMMPS dump fileclc;clear alltrydump = fopen('water_pos+vel.txt','r');catcherror('Du...
matlab mat文件变成图片_Lammps使用经验谈之MATLAB后处理接口
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在lammps使用过程中，经过计算可以得到每一步原子坐标、速度等信息。该信息可以使用dump命令输出到*.lammpstrj中。接下下可使用ovito或vmd等进行表征等工作。而对于一些物理量计算的工作，还需要使用者学会使用一门编程语言。得益于本文作者自动化专业出身及数学建模经验，在使用过程中，作者摸索出一套matlab处理*.lammpstrj文件的方法。在此与广大网友分享。因...
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