GDCM:展示GDCM Dict的测试程序 C/C++

使用GDCM库展示DICOM字典的C/C++测试
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本文介绍了如何利用GDCM库在C/C++中编写一个测试程序,以显示GDCM字典(包含DICOM标准元素)的内容。通过示例代码展示了如何获取和打印公共及私有字典的元素,帮助理解如何操作DICOM文件元数据。

GDCM:展示GDCM Dict的测试程序 C/C++

介绍
GDCM (Grassroots DICOM) 是一个用于处理医学影像和通信的开源软件库。它提供了许多功能,包括读取、写入和转换DICOM(数字成像和通信)文件的能力。在本文中,我们将介绍如何使用GDCM库来显示GDCM字典(Dict)的测试程序。

GDCM字典(Dict)是一个包含DICOM标准中定义的各种元素的数据库。这些元素描述了DICOM文件中存储的信息,例如患者姓名、图像尺寸、图像模式等。通过使用GDCM库,我们可以轻松地访问和操作这些元素。

步骤
下面是一个使用C/C++编写的示例程序,演示了如何显示GDCM字典的内容:

#include <iostream>
#include "gdcmDict.h"

int 
/usr/bin/ld: CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/gdcmJPEGLSCodec.cxx.o: in function `gdcm::JPEGLSCodec::GetHeaderInfo(std::istream&, gdcm::TransferSyntax&)': gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0x1e0): undefined reference to `JpegLsReadHeader' /usr/bin/ld: CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/gdcmJPEGLSCodec.cxx.o: in function `gdcm::JPEGLSCodec::DecodeByStreamsCommon(char const*, unsigned long, std::vector<unsigned char, std::allocator<unsigned char> >&)': gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0x495): undefined reference to `JpegLsReadHeader' /usr/bin/ld: gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0x539): undefined reference to `JpegLsDecode' /usr/bin/ld: CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/gdcmJPEGLSCodec.cxx.o: in function `gdcm::JPEGLSCodec::Decode(gdcm::DataElement const&, gdcm::DataElement&)': gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0x8ce): undefined reference to `JpegLsReadHeader' /usr/bin/ld: gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0x993): undefined reference to `JpegLsDecode' /usr/bin/ld: CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/gdcmJPEGLSCodec.cxx.o: in function `gdcm::JPEGLSCodec::CodeFrameIntoBuffer(char*, unsigned long, unsigned long&, char const*, unsigned long)': gdcmJPEGLSCodec.cxx:(.text+0xcd3): undefined reference to `JpegLsEncode' collect2: error: ld returned 1 exit status gmake[2]: *** [Source/MediaStorageAndFileFormat/CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/build.make:1775: bin/libgdcmMSFF.so.3.0.24] Error 1 gmake[2]: Leaving directory '/tmp/tmp/build-gdcm-3.0.24' gmake[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:827: Source/MediaStorageAndFileFormat/CMakeFiles/gdcmMSFF.dir/all] Error 2 gmake[1]: Leaving directory '/tmp/tmp/build-gdcm-3.0.24' gmake: *** [Makefile:159: all] Error 2
11-12
<think>首先,用户的问题是关于编译GDCM库时遇到的链接错误:`undefined reference to 'JpegLsReadHeader'`等。这些错误表明在编译过程中,编译器找不到JPEG-LS库的相关函数实现。 我从用户提供的引用中提取相关信息: - 引用[1]:用户使用的是GDCM 3.0.23,但问题中提到GDCM 3.0.24,所以可能用户升级了版本。 - 引用[2]:这是关于OpenCV的错误,提到了`undefined reference to `cblas_zgemm'`,解决方案是添加链接器标志`-lcblas`。虽然主题不同,但错误类型类似,都是链接错误。 - 引用[3]:描述在Ubuntu 20.04上编译VTK 9.3.1 + vtkDicom + GDCM 3.0.24的过程,包括使用CMake和make命令。 用户当前的查询是解决编译GDCM-3.0.24时的链接错误。错误信息指向JPEG-LS函数,这意味着GDCM依赖于CharLS库(一个JPEG-LS实现)。 我的回答需要: - 使用中文回答。 - 结构清晰,逐步帮助用户解决问题。 - 使用正确的LaTeX格式:行内数学表达式用$...$,独立公式用$$...$$。 - 生成相关问题。 - 在引用的段落末尾添加引用标识,例如[^1]。 关键点: 1. **理解错误**:`undefined reference`错误通常表示链接器找不到函数的实现。对于`JpegLsReadHeader`, `JpegLsDecode`, `JpegLsEncode`,这些属于JPEG-LS库(如CharLS)。 2. **解决方案**: - 确保CharLS库已安装。GDCM可能依赖于它。 - 在编译GDCM时,确保CMake检测到CharLS。可能需要指定CharLS库的路径。 - 添加链接器标志来链接CharLS库。 - 参考引用[2]中的做法,那里添加了`-lcblas`,类似地,这里可能需要`-lcharls`或类似标志。 3. **步骤**: - 安装CharLS库:如果没安装,使用包管理器安装,如`sudo apt-get install libcharls-dev`(Ubuntu)。 - 在CMake配置中,确保GDCM能找到CharLS。可能需要设置`GDCM_USE_SYSTEM_CHARLS=ON`或类似选项。 - 检查CMake日志,确认CharLS是否被检测到。 - 如果问题persists,添加链接器标志,如`-lcharls`。 4. **引用相关信息**: - 引用[3]提到编译GDCM的过程,包括make命令。我可以引用这个作为背景。 - 用户的问题基于上一次问题,但系统提示说“参考用户上一次的问题和你的回答”,但我没有上下文,所以我只能基于当前查询。 结构化回答: - 先描述问题。 - 逐步提供解决方案。 - 结束时生成相关问题。 - 添加引用:[^1]对应引用[1],但由于引用[1]是关于下载,可能不直接相关;[^2]对应OpenCV错误;[^3]对应编译过程。我应该只引用相关部分。 最终回答结构: 1. 开头:确认问题。 2. 原因分析:解释为什么会出现这个错误。 3. 解决方案步骤: - 步骤1: 确保CharLS库已安装。 - 步骤2: 在CMake配置中添加选项或确保检测到CharLS。 - 步骤3: 重新编译。 4. 示例命令:基于引用[3]的CMake过程。 5. 结束:生成相关问题。 生成相关问题: - 基于主题,如: 1. 如何在Ubuntu上安装CharLS库? 2. GDCM的其他常见编译问题? 3. 如何验证JPEG-LS库是否正确链接? 确保LaTeX正确:由于内容没有太多数学,可能只用行内或独立公式,如果需要,添加示例。 例如,如果在解释库依赖时提到版本,可以用$...$。 现在,草拟回答。 </think>### 解决编译GDCM-3.0.24时`undefined reference to 'JpegLsReadHeader'`等链接错误 在编译GDCM(Grassroots DICOM)库时,出现`undefined reference to 'JpegLsReadHeader'`、`undefined reference to 'JpegLsDecode'`和`undefined reference to 'JpegLsEncode'`等错误,表明链接器无法找到JPEG-LS编码/解码函数的实现。这些函数属于CharLS库(JPEG-LS开源实现),而GDCM在编译时需要正确链接该库。错误通常源于CharLS库未安装、CMake配置未检测到库路径,或链接标志缺失。以下步骤将帮助您解决此问题,参考您提供的环境(如Ubuntu系统)和GDCM版本[^3]。 #### 错误原因分析 - **根本问题**:GDCM依赖CharLS库处理JPEG-LS格式图像。如果CMake未正确链接该库,编译时会因符号缺失而失败。 - **典型场景**:在Ubuntu中使用CMake编译GDCM(如引用[3]所述的环境),但CharLS未安装或配置不当[^3]。 #### 逐步解决方案 遵循以下步骤解决问题。整个过程基于CMake构建系统(参考引用[3]的流程): 1. **安装CharLS库** 确保CharLS库已正确安装。在Ubuntu/Debian系统中,使用包管理器安装开发包: ```bash sudo apt-get update sudo apt-get install libcharls-dev # 安装CharLS库及其头文件 ``` 验证安装:检查`/usr/lib`或`/usr/local/lib`下是否存在`libcharls.so`文件(例如`ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcharls*`)。如果未找到,可能需要从源码编译CharLS(见步骤说明)。 2. **配置CMake时确保检测CharLS** 在运行CMake时,添加CharLS相关选项。关键点: - 使用`GDCM_USE_SYSTEM_CHARLS=ON`强制GDCM使用系统安装的CharLS。 - 添加链接器标志确保库被正确链接(类似引用[2]中解决OpenCV错误的思路[^2])。 示例CMake命令(在GDCM源码目录执行,替换`[build_dir]`为您的构建目录): ```bash cmake -S . -B [build_dir] \ -D GDCM_USE_SYSTEM_CHARLS=ON \ -D CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS="-lcharls" \ # 显式链接CharLS库 -D BUILD_SHARED_LIBS=ON \ # 推荐生成动态库,便于链接 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local # 指定安装路径 ``` - **说明**: - `-D GDCM_USE_SYSTEM_CHARLS=ON`:确保GDCM优先使用系统CharLS而非内置版本。 - `-D CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS="-lcharls"`:添加链接器标志,直接引用CharLS库(类似引用[2]中`-lcblas`的用法[^2])。 - 运行后检查CMake输出日志,确认是否显示`Found CharLS: YES`。如果仍报`NOT found`,需手动指定库路径(如`-D CHARLS_DIR=/usr/lib`)。 3. **手动指定CharLS路径(可选)** 如果系统未正确检测CharLS,在CMake中添加路径变量: ```bash cmake -S . -B [build_dir] \ -D CHARLS_INCLUDE_DIR=/usr/include/charls \ # CharLS头文件路径 -D CHARLS_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcharls.so \ # CharLS库文件路径 -D GDCM_USE_SYSTEM_CHARLS=ON ``` - **验证**:执行`cmake --build [build_dir] --target help`,确保目标列表包含CharLS相关条目。 4. **重新编译和安装** 完成CMake配置后,执行编译和安装(参考引用[3]的make命令[^3]): ```bash cd [build_dir] make -j8 # 并行编译,加速过程 make install # 安装到系统 ``` - **检查错误**:如果`make`阶段仍报错,运行`make VERBOSE=1`查看详细链接命令,确认`-lcharls`是否生效。 #### 常见问题排查 - **CharLS未安装**:如果步骤1失败,需源码编译CharLS: ```bash git clone https://github.com/team-charls/charls.git cd charls mkdir build && cd build cmake .. && make && sudo make install ``` - **版本冲突**:GDCM 3.0.24要求CharLS版本≥2.4.0。检查版本:`charls --version`(若无命令,查看库文件元数据)。 - **环境变量**:确保`LD_LIBRARY_PATH`包含CharLS库路径(例如`export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH`)。 通过以上步骤,绝大多数链接错误可解决。如果问题persists,提供CMake日志片段以进一步诊断。 #### 相关问题 1. 如何在Windows系统中编译GDCM并解决类似链接错误? 2. GDCM库如何集成到VTK项目中(如引用[3]的场景)[^3]? 3. 除了JPEG-LS,GDCM还依赖哪些第三方库?如何管理这些依赖?
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