生信跑cox出现错误

#Cox分析
Coxoutput <- NULL 
for(i in 3:ncol(surv.expr)){
  g <- colnames(surv.expr)[i]
  cox <- coxph(Surv(OS.time,OS) ~ surv.expr[,i], data = surv.expr) # 单变量cox模型
  coxSummary = summary(cox)
  
  Coxoutput <- rbind.data.frame(Coxoutput,
                                data.frame(gene = g,
                                           HR = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"exp(coef)"])[1],
                                           z = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"z"])[1],
                                           pvalue = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"Pr(>|z|)"])[1],
                                           lower = as.numeric(coxSummary$conf.int[,3][1]),
                                           upper = as.numeric(coxSummary$conf.int[,4][1]),
                                           stringsAsFactors = F),
                                stringsAsFactors = F)
}

代码来自B站“小陈医生想躺平”

报错

Error in coxph(Surv(OS.time, OS) ~ surv.expr[, i], data = surv.expr) : 
  No (non-missing) observations

原因：res_deseq2的基因名为ENSG_id应改为gene_symbol

方法：重新运行差异分析代码后改为gene_symbol，解决

教训：不要在源文件上直接修改，在副本上改动