应用统计学与R语言实现笔记（番外篇四）——bookdown使用与OR值计算

本期是之前做的应用统计学与R语言实现笔记的番外篇四，本期主要关注两个问题，一个是重新利用R的bookdown包创建新的电子书，另一个是计算公共卫生当中一个比较常见的指标OR值。

1 bookdown使用

bookdown是谢益辉之前开发的R语言包，可以基于rmarkdown快速生成在线电子书，并且可以输出pdf和epub。具体的使用方法可以参见官方文档。

https://bookdown.org/yihui/bookdown/

这里由于中文在输出pdf中容易有bug，因此中文图书推荐使用谢益辉提供的模板进行修改。同时可以参考李东风的这本中文使用指南辅助进行。

https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/

这里提供一些使用过程中的tips经验。

• Latex公式在在$与公式间不要空格。
• 插入图片建议使用r的function。例子如下：

knitr::include_graphics("fig/fig1.jpg")

其中include_graphics括号后面为图片路径。同时在R code的设置里，在设置图片大小时推荐使用out.width和out.height参数，设置为’100%’，这样图片可以根据排版情况进行自适应。

• 如果想加入r代码块而不想运行仅作为展示的话，需要在R code的设置里设置为r eval=FALSE, echo = T。
• 目前这个版本的封面图片设置参数cover-image只能生成epub里的封面，pdf无法添加。
• 默认模板会生成图和表目录，不需要的可以在index.rmd的输出设置里把lot和lof设置为false。
• 默认模板pdf里有一句话“献给……呃，爱谁谁吧”，需要在模板的latex文件夹下的before_body.tex里去掉。
• 默认模板设置是B5的纸张大小，边距设置也是左右不对称。这个是在index.rmd的输出设置里。实际上也是latex的设置。可根据自己喜好做调整。

geometry: [b5paper, tmargin=2.5cm, bmargin=2.5cm, lmargin=3.5cm, rmargin=2.5cm]

• 用github托管的话，可以在bookdown.yml文件里设置输出文件夹参数，在最后一行添加参数（output_dir: “docs”）。然后在github的Pages设置对应的根目录。同时需要在R里输入如下命令。让网页不使用默认jekyll主题。

file.create('docs/.nojekyll')

最后奉上最新的bookdown在线电子书地址：

http://gisersqdai.top/Note-of-Applied-Statistics-with-R-Book/

2 公式更正

在修改的过程里，我发现了来自BruceZhaoR同学18年的一条pr，虽然不知道什么原因我一直没注意到这条pr。这里郑重向这位同学道歉，非常感谢他的指正。他指出在原本第三章描述性统计里的样本方差与标准差公式里有误。并给出了wiki上的参考公式。

wiki:https://en.wikipedia.org/wiki/Standard_deviation#Corrected_sample_standard_deviation

具体错误这里也说明下。原公式如下：

样本方差：

$$s^2=\frac{{\sum }_{i=1}^N(x_i-\mu {)}^2}{n-1}$$ 或 $$s^2=\frac{{\sum }_{i=1}^k(M_i-\mu {)}^2{f}_i}{n-1}$$

样本标准差：

$$s=\sqrt{\frac{{\sum }_{i=1}^N(x_i-\mu {)}^2}{n-1}}$$ 或 $$s=\sqrt{\frac{{\sum }_{i=1}^k(M_i-\mu {)}^2{f}_i}{n-1}}$$