dcm转nii，Dicom转Nifti的几种方法

原创 于 2025-11-17 16:31:33 发布 · 447 阅读 · 3 ·
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#医学影像 #影像处理 #医学图像处理 #脑科学 #影像 #医学图像

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方法一：dcm2nii

使用Mricron工具包文件夹下的dcm2niigui.exe，将dicom格式的文件拖入对话框中即可。
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方法二：SPM

使用SPM工具包可以转换dicom格式的图像为nifti格式。
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方法三：MRIconvert

可以转换成hdr/img格式，也可转换成nii格式。
支持文件夹转换。
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方法四：MRIcroGL

在Import – Convert DICOM to NIFTI 中，可以同时导出头文件为json文件（可用记事本打开）。
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其他方法：DPABI、RESTplus

使用其自带的"DICOM to NIFTI" pipeline即可。

医学影像 DICOM转NIFTI（.dcm 到 .nii）
更上一层楼！
08-19 2128
本文以医学影像的文件格式入手，让我们对`.dcm` 和 `.nii` 文件加深了下认识和印象，然后分别介绍了如何使用代码读取和解析相应文件，最后以代码示例展示了如何将 DICOM 文件转换成 NIFTI 文件，方便我们后续的医学影像特征提取。
dicom序列转nii格式
sdhdsf132452的博客
03-03 1844
【代码】dicom序列转nii格式。
医学图像Dicom(.dcm)转换为NIFTI(.nii)格式
YYY_77的博客
06-27 1万+
文章目录前言医学图像格式DICOMNIFTIpython代码 前言 NIfTI 中的图像原始数据一般被存储成了三维图像，而dicom存储为二维图层，所以相对于DICOM文件，NIFTI文件更加易用于机器学习，因为NIfTI 是三维图像，处理一个单独的NIfTI 文件要比处理成百上千个DICOM文件更加容易一些。 医学图像格式 DICOM 和 NIFTI 是最常用的格式，下面对其进行简单介绍。 DICOM DICOM 代表的是医疗数字成像和通信。DICOM 是由美国国家电气制造商协会（NEMA）制定的标准。它
批量dicom格式转nii（dcm2nii），目前网上最全总结与最强转换方法！！
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最全dcm2nii总结与最强批处理方法！
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最近开始接触医学图像处理，是小白中的小白，总结一些我遇到的坎和解决方法，帮助更我一样“负基础”的同学们~ 撰写的内容均是小白我自己的理解，有错误还请大家多多指正！ dicom数据转换为nii 可以用SPM12自带的DICOMImport转换，也可以使用MRIConvert软件转换。 【SPM】 图片左边是SPM的操作框，选择其中的DICOMImport即可以跳出右边的界面，可选择要转换的DICOM...
Python将DICOM（.dcm）文件转换为NIfTI（.nii）格式
小毛桃的博客
04-14 1518
具体实现时，推荐优先使用SimpleITK或dcm2niix，二者均已解决大部分DICOM兼容性问题。• 支持多平台（Windows/Linux/macOS）和高效压缩。：需要直接集成到Python流程中，支持批量处理和3D重建。• 适合处理多模态数据（如MRI的T1/T2序列）：需要BIDS格式元数据或处理复杂DICOM标签。• 支持压缩输出（.nii.gz）和方向校准。• 处理方向信息更准确（如强制RAS坐标系）• 需手动处理方向仿射矩阵（参考DICOM的。• 适合需要修改体素分辨率或坐标系的场景。
dcm2niix:dcm2nii DICOM到NIfTI转换器
04-29
dcm2niix旨在将神经影像数据从DICOM格式转换为NIfTI格式。 该网页包含开发源代码包含Linux，MacOS和Windows的最新稳定版本的编译版本。 该软件的完整手册以的形式提供。 执照 该软件是开源的。 BSD许可证涵盖了大...
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11-19
MRI设备通常产生的是数字成像和通信（DICOM）格式的文件，扩展名为.dcm。这些文件包含了详细的病人信息和成像参数，以及用于重建图像的原始数据。然而，对于研究人员和医生而言，使用更为通用的NIfTI（Neuroimaging ...
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weixin_44492471的博客
02-20 2704
dicom其实就是二维图像，nii是三维图像，我们将图像转化为nii更有利于我们后面对图像进行处理。
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qq_34869928的博客
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Dicom转nii（医学影像格式转换） 实验中需要用spm12进行配准，spm12 配准只能导入nii格式，但医生给的影像是dicom格式的，需要先进行格式转换。 spm12有自带的dicom转nii功能，但需要一例一例影像点着来，费时费力枯燥，好在基于SPM12可以写出代码批量转换！！！ 1. 在matlab上安装好spm12，安装方法可参考smp12官网 2. 文件组织方式 dicom path：保存所有dicom的目录，该目录下是一个一个的病例，每个病例的影像分开保...
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sudo apt install mricron apt install dcm2niix for sub in AD128 AD129 do dcm2niix -o /home/yunpengzhang/wanqing/nii/sub−zn/home/yunpengzhang/wanqing/dicom/{sub} -z n /home/yunpengzhang/wanqing/dicom/sub−zn/home/yunpengzhang/wanqing/dicom/{sub} done
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这里使用python中的一个库 dicom2nifti 首先安装 dicom2nifti, 在终端使用pip安装 pip install dicom2nifti 然后两行代码即可搞定： import dicom2nifti dicom2nifti.dicom_series_to_nifti(original_dicom_directory, output_file, reorient_nif...
用CMD 指令调用MRICRON批处理dcm转nii文件
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可以通过下载和配置`dcm2nii`或`dcm2niix`工具，在CMD中使用相应命令实现DICOM（`.dcm`）文件批量转换为NIfTI（`.nii`或`.nii.gz`）文件。 ### 下载和配置工具 若使用`dcm2nii`，可从https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152下载2016年版本里的文件，解压后将`dcm2nii.exe`文件放入Git安装地点下的`cmd`文件夹，因为`cmd`文件夹在环境变量下，如放到`D:\Git\cmd`中即可使用。不过有情况表明`dcm2nii`可能已被淘汰，可下载新版`dcm2niix.exe`放入上述文件夹来运行。也可在Windows系统下，通过控制面板设置系统的环境变量，将`dcm2nii`的安装路径添加到系统变量“Path”中，比如安装路径为`D:\dcm2nii\mricron`，就添加此路径到“Path”变量里 [^1][^2]。 ### 使用CMD指令进行转换 - **使用`dcm2niix`**：在CMD中使用`dcm2niix -z y -o <输出目录> <输入DICOM文件夹路径>`命令。例如，若要将`C:\DICOM\Study1`文件夹下的所有DICOM文件转换为`.nii.gz`文件，并将结果输出到`C:\NIfTI\Study1`文件夹，可使用命令`dcm2niix -z y -o C:\NIfTI\Study1 C:\DICOM\Study1`。如果使用`dcm2niix -o`，得到的则是`.nii`文件而不是`.nii.gz`文件 [^1]。 - **使用`dcm2nii`**：在配置好`dcm2nii`的环境变量后，在CMD中输入`dcm2nii <输入DICOM文件夹路径>`，例如`dcm2nii C:\DICOM\Study1`，即可将该文件夹下的所有DICOM文件进行转换。 ### 示例代码 ```batch @echo off rem 定义DICOM文件所在的输入文件夹和NIfTI文件输出文件夹 set input_folder=C:\DICOM\Study1 set output_folder=C:\NIfTI\Study1 rem 使用dcm2niix进行转换 dcm2niix -z y -o %output_folder% %input_folder% echo 转换完成！ pause ```
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