pymol--常用指令

最新推荐文章于 2025-09-17 17:28:47 发布
原创 最新推荐文章于 2025-09-17 17:28:47 发布 · 2.3k 阅读 · 10 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#人工智能

这篇文章介绍了如何在新年假期中使用PyMOL软件来显示和隐藏蛋白质序列，以及如何利用类似Linux终端的上下箭头控制命令行界面。

新年快乐~~~ 1.1号写了点 但是太少了没发

代码都是在以下这个框输入的：

1. 显示蛋白质序列，点击右下角的S就可以

2. 隐藏其中一条蛋白质序列

PyMOL>disable 1dpuA

3.还发现Pymol>后的框可以通过上↑下↓箭头会到前后指令，这与Linux是一样的

PYMOL-note
m0_54634272的博客
10-22 640
https://www.cnblogs.com/jszd/p/11178715.html
PyMOL简单操作图文介绍
Obsidian_wz的博客
09-09 5137
关于PyMoL简单的命令行操作及鼠标操作。 PyMOL 可以参考这篇文章： https://cloud.tencent.com/developer/news/338169 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、pandas是什么？ 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。 二、使用步骤 1.引入库 代码如下（示例）： import numpy as np import pandas as pd import matpl
利用pymol读取蛋白PDB的序列信息
S836048905的博客
04-30 1008
PDB蛋白序列获取
PyMOL 命令行完全指南（终极完整版）
最新发布
lihui261431的博客
09-17 2499
创建自定义PyMOL函数"""为每条链分配不同颜色"""
PyMOL中常用的命令列表
itwangyang520的博客
11-01 1万+
以下是一个完整的PyMOL操作流程，包含加载文件、去除水分子、设置颜色、展示小分子和蛋白质的相互作用、标记名称、添加透明背景以及保存超清4K图像的所有步骤。这里假设蛋白质和小分子分别存储在不同的PDB文件中。：选择小分子与蛋白质之间的相互作用区域（例如，5 Å内的原子）。：标记小分子名称和关键残基，以便更好地了解相互作用。：标记小分子和蛋白质之间的距离，以量化相互作用强度。：可以用不同样式展示蛋白质和小分子，使其更易识别。：检测氢键和疏水作用，并自动添加连线。：对选定的分子区域应用不同的显示样式。
org.pymol.PyMOL
03-21
org.pymol.PyMOL
PYMOL | 高频使用命令
药研猿的博客
10-20 1784
PYMOL | 高频使用命令。
精选资源
PyYAML-6.0-cp311-cp311-win_amd64.zip
11-27
YAML（YAML Ain't Markup Language）是一种常用的数据序列化语言，常用于配置文件、数据交换等场景。PyYAML库为Python提供了读取、写入和操作YAML数据的功能，使得开发者能够更方便地与YAML格式的数据交互。 此...
精选资源
pymol_launcher-2.6-cp310-cp310-win_amd64.whl.zip
02-22
标题 "pymol_launcher-2.6-cp310-cp310-win_amd64.whl.zip" 指的是一个Python软件包的压缩文件，它包含了一个名为 "pymol_launcher" 的模块的whl版本，用于在Windows AMD64（64位）平台上运行。"cp310" 表示这个...
PyMOL操作手册
07-25
Pymol是最经典的蛋白质结构分析软件，可以进行氨基酸替换、修饰及各类蛋白质结构变换的图形显示
pymol常用操作
03-27
### PyMOL 软件常用操作及快捷键 PyMOL 是一种强大的分子可视化工具，广泛应用于生物化学、结构生物学等领域。以下是关于其常见操作方法以及快捷键的详细介绍。 #### 配色策略 可以通过命令行输入特定的颜色指令来...
Pymol指令大全。官方社区——海量Pymol作图的代码
LRJ的博客
04-28 3713
Gallery - PyMOLWikihttps://pymolwiki.org/index.php/Gallery美观的PyMOL生成的图像及其脚本。（需要科学上网） 这个官方社区网站聚集了大量大佬以及他们的pymol脚本。使用pymol的脚本作图会更方便！ 赶紧去玩玩。 pymol 选择对接的分子5A 范围内的氨基酸残基 图形界面选中配体，action - modify - around 5A residues 9pc是4dxd这个蛋白质晶体中的配体,以9pc为中心，在4dxd这个蛋.
Python调用PyMol
m0_53411245的博客
11-25 1348
pymol
pymol中编写和运行python脚本
微生物系统进化
09-13 6928
pymol中编写和运行python脚本 0.说明 简单介绍pymol中调用python脚本，后续把详细的图片更新。（2021年9月13日） 后续相关更新会直接粘贴到文件中。 1. 编写功能 批量读取本地夹中pdb文件并去除蛋白质中的水。 将批量去水后的pdb文件保存到本地。 2. 代码 # 导入pymol import pymol from pymol import * import os def file_name(file_dir): L = [] for root, dirs,
Pymol教程 -- 运行Python脚本
发呆的比目鱼的博客
06-02 1875
运行脚本
Pymol一些命令及使用小技巧
热门推荐
xiaolan39的博客
12-12 1万+
pymol 选择对接的分子5A 范围内的氨基酸残基 create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc (这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体） 或者下面的命令 select 5Alig, byres lig around 5 show sticks, 5Alig 选择残基100.102,108-111 select res, resi
PyMOL 选择特定链上的特定残基范围进行可视化
weixin_40248634的博客
04-02 6248
如果链的标识符不是简单的字母（例如，它们可能包含空格或其他字符），你需要确保在。在 PyMOL 中，如果你想要选择特定链（例如链 C）上的特定残基范围进行可视化，你需要结合链标识符和残基索引来构建你的选择命令。记住，PyMOL 的索引是从 0 开始的，所以你需要选择从 88 到 94 的索引。此外，如果你不确定链的标识符是什么，可以使用 PyMOL 的图形用户界面来检查它们，或者使用。这将显示所有链的标识符，然后你可以根据这些标识符来构建你的选择命令。如果你想为这些氨基酸设置特定的颜色，可以使用。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值