Blast生成蛋白质序列位置特异性矩阵-PSSM矩阵详细版

在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。

1.下载安装

网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2.正常运行安装

此处并不产生任何快捷方式，不要反复下（都是踩过的坑）。

会产生一个blast文件夹

3.cmd-运行-powershell  cd指令进入blast

  或者 在blast中shift键+右击，进入powershell

4.下载数据库

网址：​​​​https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

一定要进入 FASTA/ 文件夹！！

由于nr太大，我尝试了swissprot的数据，并把它放在了新创建的db文件夹下，以下以它为例。

5. 对下载的数据进行处理，使其数据格式化

cd 进入db文件夹下，执行bin文件夹下的 makeblastdb.exe（这个可以直接拖进去）

C:\Users\86150\Desktop\PSSM\blast\bin\makeblastdb.exe -in swissprot -dbtype prot -title “swissprot” -out lxsp

lxsp是转换完各种数据库的名字……

6.目标蛋白质序列，此处以1个