<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[CocoCream的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; CocoCream]]></copyright><item><title><![CDATA[PLUMED MetaDynamics Simulation with GROMACS]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134938061</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134938061</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Wed, 13 Dec 2023 18:18:09 +0800</pubDate><description><![CDATA[该教程原文链接为本教程的目的是向用户介绍使用 PLUMED 运行元动力学模拟。我们将在真空中建立丙氨酸二肽的简单模拟，分析输出，并从模拟中估计自由能。我们还将学习如何运行回火元动力学模拟（well-tempered metadynamics simulation），并检测与集体变量选择不当有关的问题。”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PLUMED MetaDynamics Simulation 输入文件编写教程]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134739848</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134739848</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Fri, 01 Dec 2023 19:14:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文翻译自，旨在指导读者完成MetaDynamics Simulation 输入文件的编写，该文件可用于诸如 GROMACS 的，以完成最终模拟。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PLUMED 及 GROMACS with PLUMED 安装教程]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134664827</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134664827</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Tue, 28 Nov 2023 13:44:42 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。，我们需要先安装好 PLUMED，然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理，随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GROMACS Tutorial - TMD with NeqPCA]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132473095</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132473095</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 02 Nov 2023 14:33:38 +0800</pubDate><description><![CDATA[第二个模拟体系 benzamidine-trypsin 编写，意在指导读者运行蛋白质-配体的模拟体系，以及 TMD（牵引动力学模拟）和后续 PCA 分析的进行。因为我们要进行PCA分析，所以要获得大量的 TMD 轨迹（通常是100个以上），使用如下脚本进行50次重复的TMD模拟，其中的 TMD.mdp 文件的牵引设置如下。力场（当然你可以使用你喜欢而且合理的力场），但是由于我们新生成了配体的参数，需要将。（但是因为3PTB里面给的配体结构比较奇葩，加氢后氢的数量不一定对，因此建议前往。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GROMACS Tutorial - dcTMD 估算非平衡状态的下自由能]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134108865</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/134108865</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Sun, 29 Oct 2023 23:11:29 +0800</pubDate><description><![CDATA[本教程基于 [Multisecond ligand dissociation dynamics from atomistic simulations](https://www.nature.com/articles/s41467-020-16655-1) ^1^ 第二个模拟体系 benzamidine-trypsin 编写，意在指导读者运行蛋白质-配体的模拟体系，以及dcTMD（牵引动力学模拟）和后续ΔG(x)等的计算。本教程所用到的软件/脚本均可在[Stock Lab课题组的网站]找到]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Windows安装 OR Linux服务器安装并远程使用 Jupyter Notebook]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132858655</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132858655</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Wed, 13 Sep 2023 17:24:25 +0800</pubDate><description><![CDATA[一会就自己安装好了（是的，不需要什么其他操作……）。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[g_mmpbsa：Gromacs 插件，计算MM/PBSA]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132200152</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/132200152</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 10 Aug 2023 17:20:22 +0800</pubDate><description><![CDATA[g_mmpbsa适用于 Gromacs 4.5.x-5.1.x 版本计算 MM/PBSA。。”内的内容为译者添加。如果你在模拟中使用了该脚本，请务必在发表时引用：有关于MMPBSA的基础原理可以参考。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta Tutorial 13 ~ 14 翻译 | 主要为 Output Analyzing 及 FoldTree 部分]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131576632</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131576632</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Fri, 07 Jul 2023 11:06:52 +0800</pubDate><description><![CDATA[该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home 。“😇”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta Tutorial 11 & 12 翻译 | 主要为 Relax 部分]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131564853</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131564853</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 06 Jul 2023 14:47:23 +0800</pubDate><description><![CDATA[该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“&#128519;”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta Tutorial 10 翻译 | 主要为 Minimizer Tutorial 部分]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131544261</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131544261</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Wed, 05 Jul 2023 15:58:13 +0800</pubDate><description><![CDATA[该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“&#128519;”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta Tutorial 5/7/9 翻译 | 主要为 Scoring & Packer Tutorial 部分]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131510028</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131510028</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Mon, 03 Jul 2023 17:21:26 +0800</pubDate><description><![CDATA[该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“&#128519;”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta Tutorials 1-5 翻译 | 基础概念为主]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131487170</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131487170</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Sun, 02 Jul 2023 19:44:02 +0800</pubDate><description><![CDATA[”内的内容为译者添加。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Rosetta & PyRosetta Installing and Building 翻译 Rosetta 安装]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131488389</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/131488389</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Sat, 01 Jul 2023 12:24:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文为 Rosetta 安装教程，翻译自https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Cellulose Builder 用户指南]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/130149772</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/130149772</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Fri, 14 Apr 2023 16:03:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文是对 Cellulose-Builder 用户指南的翻译及注解，原文连接。Cellulose-Builder 使我们能够以 .xyz 和 .pdb 格式构建任意大小和形状的多种纤维素多晶型物的微晶。例如，这些文件可以用于包含纤维素结晶域的系统的分子动力学(MD)模拟。这个程序最初发表在下面的论文中。如果你使用了Cellulose-Builder，请引用发表的工作:那篇论文包含了 Cellulose-Builder 的功能、使用例子和图例，而且是程序文档的主要组成部分。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Cellulose nanofibril MD tutorial]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/129745744</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/129745744</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 06 Apr 2023 23:54:14 +0800</pubDate><description><![CDATA[请注意，如果你要用其他结构搭建 top，那么请合理计算出你的纤维素结构的参数 (长，宽，高)（这里的“长”指的是纤维素单链的长度，“宽”和“高”是不言自明的；在开始模拟之前，我们必须要有纤维素的基本结构单元葡萄糖（虽然理论上是纤维二糖，但是这里力场的最小单元可以是葡萄糖）的键合和非键参数，在本教程中是用的是Amber14 力场，你可以在。如果 Cellulose-builder 给你生成的体系的糖链没有沿着你想要的方向，或者不在你想要的平面的话，使用下面这个指令进行摆正。部分的设置修改一下（见下）。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GROMOS参数（、运行、索引、日志）相关文件解读]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/123943762</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/123943762</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 22 Dec 2022 18:23:38 +0800</pubDate><description><![CDATA[gromacs动力学模拟中，会把每一步计算所得的部分参考参数写入.log文件中，这些参数仅仅用于向用户报告 mdrun 的运作情况而不会作为根本的分析数据。: 切换是否区分大小写（对于某些原子命名为类似于 O 及 o，而实际上是不同的原子时（可能这两种原子参数不同或者你有什么别的想法？: 按残基编号（及 insertion code，PDB里面可以理解为链的那一列）选择残基；: 按原子将 nr 组划分为不同的组（上述三种操作见后面的演示）；: 选择输入文件内除该组外所有的原子（取补集），非；]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[蛋白质一级结构全局比对 Needleman-Wunsch 算法的 Python 实现]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/127601485</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/127601485</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Tue, 01 Nov 2022 23:19:31 +0800</pubDate><description><![CDATA[里面，由于matrix1索引为0的行(列)是留出来写序列的（后来发现好像numpy的matrix似乎写不进字符串），索引为1的行(列)是用来空对比的（或者说是gap对比），所以我们。计算得到的最总分数里存在两个相同的最大值，也就是存在多条回溯路径，那么该怎么实现多个输出呢，或者说设计一个优先级的判断……为配对分数的一个简易库（因为嫌麻烦所以只写了需要用到的，如果是核酸序列那就更简单了），并且可以查询得到配对分数。为溯回矩阵，用于记录各配对得分的来源，以及最终对比结果的输出。第i个残基在矩阵中的位置。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[POVME3使用的一些前置处理及 example 所用 .ini 翻译]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/126032208</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/126032208</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Mon, 26 Sep 2022 11:54:44 +0800</pubDate><description><![CDATA[如果未指定此类区域，POVME 将计算包含口袋的点阵覆盖的所有口袋的总体积，即使它们不是连续的。设置将添加第二个球体，此球体仅用于演示目的（不会起到计算作用，当然如果你确实同时有第二个需要计算的口袋，那么就把它设置为相应的坐标和半径）。在以前的版本中，凸包将针对每帧重新计算，但这会导致显著的数值噪声，因为蛋白质在不同帧的运动可能会从根本上重新定义凸包。POVME可以在基于Unix的系统上使用多个处理器，在此设置所使用的的核数（尽管只是将不同帧均分给不同核来进行相对独立的计算）。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GROMACS .mdp 选项翻译及笔记]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/126116755</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/126116755</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Thu, 04 Aug 2022 10:43:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文档用以说明 .mdp 文件各选项的释义，相应选项名称为粗体（其后的粗体括号中为默认值，单位用方括号括起来，破折号和下划线之间的差值会被忽略）。解释部分标蓝文字说明在其他条目中存在，标红文字为示例代码，每个大条目后会贴出其在 mdout.mdp 中对应部分。本文所展示的选项为 GROMACS 5.0.7 版本所通用，在后续版本中部分选项的内容有所调整，因此如果报出 .mdp 文件中某指令不存在，最好查看一下你的版本的 release note，我也会在有相应变动的地方补充一些的更新内容。.........]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GROMACS Tutorial 6-Free Energy Calculations]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/124048771</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/124048771</guid><author>CocoCream</author><pubDate>Sat, 09 Jul 2022 11:19:49 +0800</pubDate><description><![CDATA[Methane in WaterIntroductionTheoryThe TopologyFree 
本教程将指导用户通过计算一个简单的自由能变化的过程（中性甲烷和盒内水分子之间的范德华相互作用的去除解耦过程）。 这个量曾由 Shirts 等人在系统地评估氨基酸侧链的溶剂化自由能时用不同的原子力场计算出来。本教程需要 GROMACS 2018.x 系列的版本。
本教程将假设您对什么是自由能计算、存在的不同类型以及该技术的基本理论有一个...]]></description><category></category></item></channel></rss>