GROMOS参数（、运行、索引、日志）相关文件解读

最新推荐文章于 2024-11-08 18:03:34 发布

CocoCream

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分类专栏： GROMACS 文章标签： gromacs

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本文详细介绍了如何使用gmxmake_ndx创建索引文件index.ndx，涉及原子选择、残基划分等操作。此外，还涵盖了md.tpr文件的二进制结构，md.log日志文件的作用，以及检查点文件md.cpt的用途。主要讨论了GROMACS模拟过程中的关键文件和管理技巧。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

索引文件 index.ndx

使用gmx make_ndx进行创建，输入指令后会进入新的索引创建界面，以下是创建索引的指令说明：

'a' nr1 [nr2 …] : 按原子编号选择；
'a' nr1 - nr2 : 选择原子编号在 nr1 到 nr2 内的所有原子；
'a' name1[*] [name2[*] …] : 按名称选择原子；
't' type1[*] [type2[*] …] : 同上，但是按类型选择，需要运行输入文件；
'r' nr1[ic1] [nr2[ic2] …] : 按残基编号（及 insertion code，PDB里面可以理解为链的那一列）选择残基；
'ri' nr1 - nr2 : 选择残基编号在 nr1 - nr2 的残基；
'chain' ch1 [ch2 …] : 按链编号选择原子，不适用于 .gro 文件；
! : 选择输入文件内除该组外所有的原子（取补集），非；
& | :AND(且) 与 OR(或)，可放置于任何上述选项之间，逻辑语句自左向右顺序处理；
'name' nr name : 将第 nr 组命名为 ‘name’；
'del' nr1 [- nr2] : 删除 nr1 至 nr2 组；
'keep' nr : 删除除 nr 组以外的所有组；
'case' : 切换是否区分大小写（对于某些原子命名为类似于 O 及 o，而实际上是不同的原子时（可能这两种原子参数不同或者你有什么别的想法？），应该是有用的）；
'splitch' nr : 按链将 nr 组分为不同的组；
'splitres' nr : 按残基将 nr 组分为不同的组；
'splitat' nr : 按原子将 nr 组划分为不同的组（上述三种操作见后面的演示）；
'res' nr : 将 nr 组的数字（原子数？）解释为残基数（？不明白是什么操作）；
Enter : 回车，列出当前已定义的组或已码入的命令；
'l' : 列出全部残基及其编号；
'h' : 显示帮助页面；
'q' : 退出

在这里插入图片描述

一些示例，键入以下代码，原始的体系里面有下图左边这些东西：

gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx

在这里插入图片描述
先来一个将蛋白（1 Protein）和配体（13 MOL）新建到同一个组里面：

1 | 13

接着就会生成新的组 22；然后以 13 MOL 和 14 NA 来实验一下'splitres' nr和'splitat' nr：

splitres 13
splitat 14

接着就会产生 23-33 这些（因为MOL只有一个残基所以自然splitres 13只有产生一个索引）。再或者你发现这个蛋白的某段α螺旋（25A-36T）很特殊，想建立一个新的索引（并且命名），并且研究它和剩余部分的相互作用（后面这一部分没截图）：

ri 25-36    # 我们 interesting in 的部分，假设新产生的这个组为组 34
name 34 a_helix   
1 & ! 34    # 蛋白中其余部分
name 35 rest_Protein

由`grompp`产生的文件 md.tpr

一个二进制的文件，里面储存了

日志文件 md.log

gromacs动力学模拟中，会把每一步计算所得的部分参考参数写入.log文件中，这些参数仅仅用于向用户报告 mdrun 的运作情况而不会作为根本的分析数据。如果你没有在gmx mdrun的时候使用-v，那么你可以在那里面看到模拟运行到哪一步了。


           Step           Time         Lambda
          85000      170.00000        0.00000

   Energies (kJ/mol)
           Bond          Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14
    5.32967e+03    1.42266e+04    1.81862e+04    8.29772e+02    6.80624e+03
     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip. Position Rest.
    7.98928e+04    1.58410e+05   -1.48350e+06    4.77696e+03    1.67682e+03
      Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)
   -1.19336e+06    2.46364e+05   -9.46999e+05    3.08185e+02    2.56465e+01
   Constr. rmsd
    3.18859e-06