【保姆级教程】关于在Cellpose3.0绘制masks（蒙版）的详细操作流程

1.启动Cellpose的GUI（图形用户交互界面）

安装好cellpose之后，我们进入Cellpose的图形界面，如果正常启动，那我们应该看到如下窗口。

2.将图像文件导入Cellpose中

单击左上角的File，选择Load image

在弹出的窗口中选择自己的数据集保存的位置，单击文件选择。

例如上图我选择了0.5PI 20X 052832-10003.tif

当Cellpose的GUI出现了细胞的图像，说明导入成功。

3.绘制masks（蒙版）

在左侧栏中找到calibrate，单击。此步骤是让模型自己计算图像中细胞的大小。加载时间比较长，可能需要10秒左右。如果是使用CPU版本的torch，可能要加载更久。请注意，在模型运行时，GUI 无法进行操作，请不要点击GUI。如果提示无响应是正常现象，等计算完毕就可以正常使用了。

当终端输出以下提示，并且GUI中diameter的值改变了，说明已经完成计算。

单击run cyto3（如果需要使用其它模型，可以在下方的other models中选择）

此时cellpose会使用默认的cyto3模型进行细胞分割。下方的进度条会先在10%卡住一会，这是正常现象，稍等一会便会跳到100%。注意，和上一步相同，cellpose在运行模型时是无法对GUI进行操作的。

当终端输出如下提示，并且GUI中细胞图像上出现了蒙版，说明模型运行成功。

下一步，我们就可以正式开始绘制蒙版了。

 

CellposeGUI的基本操作：

        CTRL+鼠标滚轮：快速缩放图像

        鼠标左键：拖拽图像

        鼠标右键：绘制蒙版

        CTRL+鼠标左键：删除蒙版

        ↑↓键：切换图像的RGB显示

 

可以根据自己的喜好放大/缩小图像，怎样绘制方便怎么来。

在需要绘制蒙版的细胞边缘单击鼠标右键。

会有一个圆圈提示，表明正在绘制蒙版。

下一步，光标绕着细胞边缘移动，注意在移动过程中不要按任何键。光标绕着细胞转一圈。

当光标再次移动到圆圈内时，cellpose会自动帮你填充好这个蒙版。

非常好！这样你就完成了第一个蒙版的绘制！

那么接下来对其它的细胞也进行相同的操作吧！

 

*如果你觉得模型错误地将其它东西识别成了细胞，可以使用CTRL+鼠标左键单击这个蒙版，这样cellpose就会帮你将其删除。

4.蒙版保存

当我们完成了该图像所有蒙版的绘制之后，我们需要将绘制好的蒙版保存。

单击左上角的File，找到并单击Save masks and image (as *_seg.npy)

Cellpose就会自动将带有蒙版数据的图像文件保存在原文件所在的文件夹中。