R包SangerSeqR处理ab1数据

爱笑的小牙

于 2019-04-19 11:24:18 发布

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分类专栏： R 回顾

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本文介绍如何利用sangerseqR包进行DNA测序数据的读取与分析，包括主峰与次峰的读取、杂合子峰的识别及数据可视化。

#加载sangerseqR包
library(sangerseqR)

#读入数据
seq = readsangerseq('input.ab1')

#读取碱基数据，0.33指的是将达到主峰0.33的次峰定义为杂合子峰
bc = makeBaseCalls(seq, ratio = 0.33)

#读主峰
primarySeq(seq)

#读次峰
secondarySeq(seq)

#输出可视化图像，也可以选择输出到pdf
chromatogram(bc, showcalls = 'both')