【生信进阶练习1000days】day6-OrganismDb packages

原创于 2019-05-29 10:24:54 发布 · 373 阅读

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OrganisamDb包是汇总相应物种的OrgDb、TxDb和GO.db的元数据包，允许各包交叉查询。可使用相关函数提取包中注释内容，具有可更新特点，抽取数据时会横跨底层对象，还能使用特定函数提取数据。

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- OrganismDb packages

OrganismDb packages

OrganisamDb packages是汇总了相应物种的OrgDb, TxDb和 GO.db的元数据包，它允许各个包之间的交叉查询。
我们可以使用之前提到的函数 select(), mapIds,transcripts等等对包中注释内容进行提取

library(Homo.sapiens)
Homo.sapiens
#> OrganismDb Object:
#> # Includes GODb Object:  GO.db 
#> # With data about:  Gene Ontology 
#> # Includes OrgDb Object:  org.Hs.eg.db 
#> # Gene data about:  Homo sapiens 
#> # Taxonomy Id:  9606 
#> # Includes TxDb Object:  TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 
#> # Transcriptome data about:  Homo sapiens 
#> # Based on genome:  hg19 
#> # The OrgDb gene id ENTREZID is mapped to the TxDb gene id GENEID .

OrganismDb packages还有几个特点

可更新 - 这样会更改TxDb对象
columns和keytypes函数在抽取数据时，会横跨所有的底层对象
使用 columns() 函数提取TxDb包中的数据

head(genes(Homo.sapiens, columns = c("ENTREZID","ALIAS","UNIPROT")),4)