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原创 【代码已开源】从QuPath标注到WSI组织分割
WSI Segmenter 是一个基于轻量化分割网络DeepLab v3架构的病理切片肿瘤区域分割工具,可实现切片中 ROI(感兴趣区域)的分割,支持 QuPath 软件(版本 >= 0.4.2);该工具使用预训练的 ResNet 作为骨干网络,通过深度学习算法实现肿瘤区域分割。
2024-12-25 14:30:01
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原创 【代码已开源】基于Python的全切片(WSI)染色归一化工具,实现了reinhard, macenko, vahadane共三种方法,支持GPU加速
为了应对数字病理切片受到不同中心、不同扫描设备的影响,先后有不同的研究提出了针对病理图像的染色归一化(stain normalization)方法。本仓库对三种染色归一化方式进行了封装,针对常见的病理图片处理流程实现了染色归一化工具。
2024-01-06 17:51:10
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原创 【凸优化】使用PyTorch实现的不等式约束优化实现
本实验分两个部分,第一部分采用初始点不可行的Newton方法求解;本实验使用Python作为编程语言,PyTorch作为机器学习库。
2023-11-28 10:27:01
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原创 【凸优化】使用PyTorch实现的初始点不可行的牛顿方法
本实验实现了初始点不可行的Newton方法。本实验使用Python作为编程语言,PyTorch作为机器学习库
2023-11-28 10:11:22
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原创 【凸优化】无约束优化的PyTorch实现(梯度下降法、牛顿下降法)+ torch.optim的使用例
由三个部分组成:梯度下降法的代码实现、牛顿下降法的代码实现和机器学习中的优化代码实现;使用Python作为编程语言,PyTorch作为机器学习库。
2023-11-28 09:50:23
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原创 【WSI/QuPath】如何使用QuPath导出切片(patch/tile)
Qupath是病理领域常用的阅片和标注软件,本教程通过演示一个简单的QuPath支持的Groovy脚本,展示如何将高分辨率全视野切片(WSI,whole slide images)导出为不同分辨倍率下的patch(或称Tile),同时单张slide的导出平均耗时在15s以内。
2023-11-08 10:56:40
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翻译 【CutMix实现/MixUp实现】TorchVision 0.16发布,一行代码实现CutMix/Mixup
使用最新的torchvision.transforms.v2调用CutMix和MixUp
2023-10-05 16:21:11
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原创 【MySQL系列笔记】- 第七章 - 常用的存储引擎 - MyISAM, InnoDB, MEMORY区别
几种MySQL常用的存储引擎 - MyISAM, InnoDB, MEMORY区别
2023-02-17 14:24:18
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原创 【ANTs】医学影像处理工具ANTs安装教程 - 快速安装,即插即用,无需编译
在这篇博客介绍了ANTs的一种简单的安装教程,它基于官方的Releases,只需要几步便可以完成。
2023-02-07 17:23:40
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原创 【人脸识别】一个简单的Python人脸识别应用 - 包含UI 支持训练自己的数据集
简单易用;无需使用Pytorch或Tensorflow等机器学习框架,基于Face-Recognition库提取特征向量,使用scikit-learn的SVC作为分类方法,实现了一个包含GUI的人脸识别程序。
2023-02-01 10:11:41
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原创 【西瓜书/机器学习·周志华】西瓜书思维导图 - PRML Mind Map
提供了与examcoo上作业题相同的知识点范围(由粗体加粗),第一到九章的思维导图。
2023-02-01 08:59:27
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空空如也
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