用python制作weblogo/SeqLogo/序列保守性分析图

本文记录了使用Python代替R语言制作SeqLogo图的过程。通过安装特定包,处理数据并绘制图形,最终成功生成序列保守性分析图。在绘制过程中遇到的数据长度一致性问题也得到了解决。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

朋友说用R语言制作seq logo图一直报错,想着python也很适合用来做数据分析,并大有取代R的趋势,就试了一下,顺利完成,其间遇到几个bug,记录以下。

🧵先上成果图

seq logo序列保守性分析图
参考教程R语言携手Python绘制weblogo图

以下是使用python制作的具体步骤

1. 前期准备

python环境:python3
安装python包 weblogo,这是一个制作序列保守性分析图的包。
在终端中输入

pip install weblogo

2. 数据整理-绘图

朋友给我的数据是fas文件,看链接的教程demo还有fa文件,都不影响。
但是weblogo的处理函数要求文件内的每一条数据长度一致,不一致的话会报错。

直接导入weblogo进行数据处理和绘图。

from weblogo import *

# 读取文件为标准输入流
f = open('./demo.fas')

# 获取序列数据
seqs = read_seq_data(f)
data = LogoData.from_seqs(seqs)   

# 注意,如果seqs内的数据长度不一致,这一步会报错
# 如果`fas`文件内数据长度不一致,对seqs列表切片会丧失数据属性seqs.profile
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