nii矩阵坐标转化为MNI坐标

本文介绍了如何使用rest_ReadNiftiImage函数读取MRI图像,并通过Head.mat将矩阵坐标(7,32,25)转换为MNI坐标,详细步骤包括两个步骤:第一步加载'nii'文件获取Head.mat;第二步应用坐标转换公式,得到的MNI坐标为(-72,-33,0)。适合医学图像处理和分析的学习者参考。

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解决步骤:

step1:通过rest_ReadNiftiImage函数得到Head.mat
[Data, Head] =rest_ReadNiftiImage(‘aal.nii’)
step2:通过Head.mat将矩阵坐标(7,32,25)转化为MNI坐标
coor = Head.mat * [7,32,25,1]’
得到MNI坐标为(-72,-33,0).
参考于:https://www.cnblogs.com/hechangchun/p/11568552.html

### MATLAB中MNI坐标的处理与转换 在MATLAB中,处理和转换MNI坐标通常涉及以下几个方面:加载数据、应用变换矩阵以及可视化结果。以下是具体的实现方法。 #### 加载MNI模板及相关文件 为了操作MNI坐标,首先需要加载MNI模板及其对应的变形场或其他辅助文件。可以通过`nifti`工具箱来读取NIfTI格式的数据文件[^1]。如果尚未安装该工具箱,可以从File Exchange下载并安装。 ```matlab % 使用 nifti 工具箱加载 NIfTI 文件 addpath('path_to_nifti_toolbox'); % 添加路径 mniTemplate = load_untouchable_nii('MNI_Template.nii'); disp(mniTemplate); ``` #### 应用变换矩阵 当涉及到从Native空间到MNI空间的转换时,可以利用SPM软件包中的函数或者手动计算仿射变换矩阵。例如,在PET-MRI联合分析中提到的选择Deformation Fields为Image->Template(forward)[^2],这一步骤实际上是在构建一个映射关系。通过以下代码片段展示如何使用SPM进行转换: ```matlab % SPM 转换示例 spm_path = 'path_to_spm'; addpath(spm_path); % 定义输入图像和目标模板 input_image = 'native_space_image.nii'; template_image = 'MNI_Template.nii'; % 运行 spm_coreg 函数完配准 job.mri.coreg(1).est.write = 0; job.mri.coreg(1).est.resample = 0; job.mri.coreg(1).source = input_image; job.mri.coreg(1).target = template_image; spm_jobman('run', job); ``` 对于更复杂的非线性变换,则可能需要用到`.nii`格式存储的变形场信息,并借助插值算法将其应用于新的数据集上。 #### EEG电极位置映射至MNI空间 针对EEG实验设计中的需求——即将头皮记录得到的空间分布投影回大脑表面模型之上,这里提供一种基于已知蒙特利尔神经学研究所(Montreal Neurological Institute, MNI)标准化框架下的解决方案[^3]。假设已经拥有了egi128导联的具体三维笛卡尔坐标系描述形式如下所示: | Channel | X (mm) | Y (mm) | Z (mm) | |---------|------------|-------------|--------------| | Cz | -7.9 |-54.6 | 62.3 | 那么就可以把这些点位按照一定规则嵌入到虚拟的大脑几何结构内部去观察它们之间的相互作用模式了。 ```matlab % 创建 EEG 通道表 channels = {'Cz'}; xyz_coords = [-7.9,-54.6,62.3]; % 将其转化为适合 BrainNet Viewer 的 CSV 文件格式 fid = fopen('eeg_mni_coords.csv','w'); fprintf(fid,'Channel,X,Y,Z\n'); for i=1:length(channels) fprintf(fid,'%s,%f,%f,%f\n',... channels{i},... xyz_coords(i*3-2),... xyz_coords(i*3-1),... xyz_coords(i*3)); end fclose(fid); ``` 以上脚本会生一个名为 `eeg_mni_coords.csv` 的CSV文件,可以直接导入BrainNet Viewer等软件进一步绘制网络连接图谱。 ---
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