LAMMPS体系轨迹分析系列：MATLAB计算温度

最新推荐文章于 2025-08-28 22:19:30 发布

独行侠影

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本文介绍如何用MATLAB处理LAMMPS模拟的轨迹数据，讲解了读取xyz文件和计算体系温度的方法，包括定义读取函数、计算温度的函数，以及展示完整的MATLAB程序示例。

LAMMPS体系轨迹分析系列：MATLAB计算温度

在分子动力学模拟中，LAMMPS是一个常用的开源软件包，可以用于模拟原子、分子以及其他粒子的动力学行为。对于通过LAMMPS模拟得到的轨迹数据，我们经常需要进行一些分析来了解体系的性质。本文将介绍如何使用MATLAB计算LAMMPS体系的温度，并提供相应的源代码。

LAMMPS轨迹数据的读取
首先，我们需要将LAMMPS生成的轨迹数据导入到MATLAB中进行处理。常见的轨迹文件格式包括xyz、dump等。以xyz格式为例，可以使用以下MATLAB代码实现读取：

function [coords, num_atoms, box_size] = read_xyz(filename)
% 读取xyz格式的轨迹文件
fid

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lammps导热系数计算方法,导热系数的计算,Unix_Linux

09-10

19或许各位有疑问，诶，窝明明固体物理和热统学过啊，如果不计入格点间的非简谐相互作用（即关于位置变化量的3阶项及以上），非谐效应中的热膨胀和热传导是不存在的由于核心思路是通过热流和温度梯度在某段范围内稳定的呈线性关系相比得到kappa的，这里有一个Green-Kubo线性响应理论

【LAMMPS学习】八、基础知识(3.4)温度计算

荷塘阅色

04-17

2140

温度计算为动能除以一定数量的自由度（和玻尔兹曼常数）。由于动能是粒子速度的函数，因此通常需要区分粒子的平流速度（由于粒子的某些聚集运动）及其热速度。两者之和就是粒子的总速度，但后者通常是计算温度所需的。

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06-04

7364

大家好，我是小马老师。在lammps模拟中，可以使用thermo命令输出整个体系的温度。但在有些时候可能需要输出每个原子的温度，并绘制温度云图，如下图所示：单个原子的温度应该如何输出？温度云图又是如何绘制？接下来将详细介绍但原子温度计算方法。既然是输出单个原子的信息，必然要用到dump命令，但是默认情况下，lammps并没有提供单原子温度属性。因此，需要根据动能和温度转换关系计算单个原子的速度，代码如下： compute KE all ke/atom variable

[lammps后处理]温度云图的绘制

m0_60787307的博客

09-21

8330

好看的云图对我们论文的质量有着至关重要的影响，lammps中如下图lammps仿真过程通过输出温度数据、用origin绘制的的温度分布云图：

Lammps体系轨迹分析方法解析 —— MATLAB计算数密度

与其临渊羡鱼,不如退而结网

07-31

979

随着分子动力学模拟在物理化学领域的应用日益广泛，研究者们对于从大规模模拟中提取有用信息的需求也越来越高。而轨迹分析是一项重要的任务，它可以帮助我们了解原子间的相互作用、结构演化以及材料的性质变化。在本文中，我们将介绍如何使用MATLAB计算Lammps体系的数密度。首先，我们需要准备Lammps模拟得到的轨迹文件，其中包含了每个时间步的原子坐标和相应的单位。至此，我们已经成功地使用MATLAB计算了Lammps体系的数密度。通过这种方法，我们可以更好地理解原子之间的排列和材料的性质。

LAMMPS纳米液滴轮廓识别——统计全部dump轨迹(Matlab实现)

2301_78484069的博客

07-20

394

本文提供了一种使用MATLAB实现的方法，通过LAMMPS输出的dump文件进行纳米液滴轮廓识别和统计分析。通过读取dump文件、提取液滴表面原子、计算液滴轮廓等步骤，我们可以得到每一帧液滴的轮廓形状。这个方法可以为进一步研究纳米液滴的运动和形态演化提供有力的工具。本文介绍了使用MATLAB实现的LAMMPS纳米液滴轮廓识别方法，通过分析LAMMPS输出的dump文件中的轨迹数据，实现对纳米液滴形状轮廓的统计分析。附注：源代码中的参数和方法需要根据实际情况进行调整和改进，以适用于不同的应用场景和数据特征。

【Lammps模拟速成课】：3步入门铜纳米流体计算模拟

Lammps（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个经典分子动力学模拟软件，广泛应用于计算材料科学领域。本章旨在为读者提供Lammps模拟的一个初步认识，通过介绍其基本概念、理论背景和...

Matlab计算随模拟时间变化的热导率

Rockyoung

08-03

1702

每一帧都对应体系的一个温度状态。也就是每一帧都会存在一个热导率。例如：文献中 Thermal conductivity of glass fiber-reinforced silica aerogels using molecular dynamics simulations，给出的例子。那么如何计算这个随时间变化的热导率呢？...

【LAMMPS模拟基础入门】：0基础快速掌握材料模拟精髓

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是一种通过计算模拟系统中原子或分子在一定时间内的运动来预测其宏观物理性质的方法。在材料科学、生物学、化学等多个领域中，MD模拟是一种极其重要的研究手段。MD模拟可以...

Lammps之循环定压比热熔计算

Rockyoung

11-10

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热熔提示：这里可以添加系列文章的所有文章的目录，目录需要自己手动添加提示：写完文章后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录热熔前言一、二、1.引入库2.总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、示例：二、 1.引入库代码如下（示例）： import numpy as np import

Lammps体系轨迹分析系列（一）—— MATLAB计算温度

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04-20

2606

%------------------------------------------------% % this code is only for temperature %------------------------------------------------% all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧 bin_num = 147; % 将体系划分block KB = 8...

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前言热力学性质的不均匀性导致的过程为运输过程，温度的不均匀性下的能量运输为热传导现象。显然，热传导是和材料的尺寸和系统处于的环境温度有关。那么如何根据Lammps循环获得不同温度、不同尺寸下的热导率呢？一、平衡态！？什么是非平衡态？将一个系统置于两个温度不同的热源之间，最终会在系统内建立一个稳定的 (不随时间变化的) 温度分布。我们说这样的系统处于一个稳态，但不处于一个平衡态。稳态和平衡态都是不依赖与时间的，但前者属于非平衡态。二、物理模型以 ArgonArgonArgon 为例，我们选择

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LAMMPS体系轨迹分析系列: MATLAB计算数密度

2301_79326559的博客

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数密度是指单位体积内的粒子数目，它是研究材料性质和相变行为的重要参数。接下来，我们需要将系统的体积划分为小的体积元素，并计算每个体积元素内的粒子数。通过将粒子数除以体积元素的体积，我们可以获得每个体积元素的数密度。接下来，我们需要将系统的体积划分为小的体积元素，并计算每个体积元素内的粒子数。通过将粒子数除以体积元素的体积，我们可以获得每个体积元素的数密度。然后，我们根据粒子的位置将其划分到相应的体积元素中，得到体积元素的索引（然后，我们根据粒子的位置将其划分到相应的体积元素中，得到体积元素的索引（

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