LAMMPS体系轨迹分析系列：MATLAB计算温度

最新推荐文章于 2025-03-03 06:55:35 发布
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本文介绍如何用MATLAB处理LAMMPS模拟的轨迹数据，讲解了读取xyz文件和计算体系温度的方法，包括定义读取函数、计算温度的函数，以及展示完整的MATLAB程序示例。

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LAMMPS体系轨迹分析系列：MATLAB计算温度

在分子动力学模拟中，LAMMPS是一个常用的开源软件包，可以用于模拟原子、分子以及其他粒子的动力学行为。对于通过LAMMPS模拟得到的轨迹数据，我们经常需要进行一些分析来了解体系的性质。本文将介绍如何使用MATLAB计算LAMMPS体系的温度，并提供相应的源代码。

  1. LAMMPS轨迹数据的读取
    首先，我们需要将LAMMPS生成的轨迹数据导入到MATLAB中进行处理。常见的轨迹文件格式包括xyz、dump等。以xyz格式为例，可以使用以下MATLAB代码实现读取：
function [coords, num_atoms, box_size] = read_xyz(filename)
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【LAMMPS学习】八、基础知识(3.4)温度计算
荷塘阅色
04-17 2004
温度计算为动能除以一定数量的自由度（和玻尔兹曼常数）。由于动能是粒子速度的函数，因此通常需要区分粒子的平流速度（由于粒子的某些聚集运动）及其热速度。两者之和就是粒子的总速度，但后者通常是计算温度所需的。
lammps教程：单原子温度计算及输出方法
lammps_jiayou的博客
06-04 7243
大家好，我是小马老师。 在lammps模拟中，可以使用thermo命令输出整个体系的温度。 但在有些时候可能需要输出每个原子的温度，并绘制温度云图，如下图所示： 单个原子的温度应该如何输出？温度云图又是如何绘制？ 接下来将详细介绍但原子温度计算方法。 既然是输出单个原子的信息，必然要用到dump命令，但是默认情况下，lammps并没有提供单原子温度属性。 因此，需要根据动能和温度转换关系计算单个原子的速度，代码如下： compute KE all ke/atom variable
[lammps后处理]温度云图的绘制
m0_60787307的博客
09-21 7885
好看的云图对我们论文的质量有着至关重要的影响，lammps中如下图lammps仿真过程通过输出温度数据、用origin绘制的的温度分布云图：
Lammps体系轨迹分析方法解析 —— MATLAB计算数密度
与其临渊羡鱼,不如退而结网
07-31 865
随着分子动力学模拟在物理化学领域的应用日益广泛，研究者们对于从大规模模拟中提取有用信息的需求也越来越高。而轨迹分析是一项重要的任务，它可以帮助我们了解原子间的相互作用、结构演化以及材料的性质变化。在本文中，我们将介绍如何使用MATLAB计算Lammps体系的数密度。首先，我们需要准备Lammps模拟得到的轨迹文件，其中包含了每个时间步的原子坐标和相应的单位。至此，我们已经成功地使用MATLAB计算了Lammps体系的数密度。通过这种方法，我们可以更好地理解原子之间的排列和材料的性质。
LAMMPS纳米液滴轮廓识别——统计全部dump轨迹(Matlab实现)
2301_78484069的博客
07-20 340
本文提供了一种使用MATLAB实现的方法，通过LAMMPS输出的dump文件进行纳米液滴轮廓识别和统计分析。通过读取dump文件、提取液滴表面原子、计算液滴轮廓等步骤，我们可以得到每一帧液滴的轮廓形状。这个方法可以为进一步研究纳米液滴的运动和形态演化提供有力的工具。本文介绍了使用MATLAB实现的LAMMPS纳米液滴轮廓识别方法，通过分析LAMMPS输出的dump文件中的轨迹数据，实现对纳米液滴形状轮廓的统计分析。附注：源代码中的参数和方法需要根据实际情况进行调整和改进，以适用于不同的应用场景和数据特征。
Matlab计算随模拟时间变化的热导率
Rockyoung
08-03 1609
每一帧都对应体系的一个温度状态。也就是每一帧都会存在一个热导率。例如：文献中 Thermal conductivity of glass fiber-reinforced silica aerogels using molecular dynamics simulations，给出的例子。那么如何计算这个随时间变化的热导率呢？...
【LAMMPS模拟基础入门】：0基础快速掌握材料模拟精髓
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是一种通过计算模拟系统中原子或分子在一定时间内的运动来预测其宏观物理性质的方法。在材料科学、生物学、化学等多个领域中，MD模拟是一种极其重要的研究手段。MD模拟可以...
Lammps之MP方法粘度计算（包含in文件）
Rockyoung
01-10 5615
衡量流体粘性大小的物理量称为粘度,通俗的说粘度就是阻碍流体流动的内摩擦力的量度。在分子动力学研究中，对流体输运性质及热学性质的分析都离不开粘度的计算，在某些研究领域中（润滑、纳米流体等），对体系粘度的准确计算十分关键。本博文首先介绍了MP方法计算粘度的原理，并以Ar体系为例，介绍lammps计算粘度的MP方法，该方法相较GK方法计算速度快，且容易分析处理。
Lammps之循环定压比热熔计算
Rockyoung
11-10 4516
热熔 提示：这里可以添加系列文章的所有文章的目录，目录需要自己手动添加 提示：写完文章后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录热熔前言一、二、1.引入库2.总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、 示例： 二、 1.引入库 代码如下（示例）： import numpy as np import
Lammps体系轨迹分析系列（一）—— MATLAB计算温度
Rockyoung
04-20 2528
%------------------------------------------------% % this code is only for temperature %------------------------------------------------% all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧 bin_num = 147; % 将体系划分block KB = 8...
lammps导热系数计算方法,导热系数的计算,Unix_Linux
09-10
19或许各位有疑问，诶，窝明明固体物理和热统学过啊，如果不计入格点间的非简谐相互作用（即关于位置变化量的3阶项及以上），非谐效应中的热膨胀和热传导是不存在的由于核心思路是通过热流和温度梯度在某段范围内稳定的呈线性关系相比得到kappa的，这里有一个Green-Kubo线性响应理论
mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库.zip
09-18
mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库 MDAnalysis存储库自述文件 [*] 美国的 MDAnalysis是一个用于分析各种流行的模拟软件包的分子动力学轨迹，包括 DL_Poly 。CHARMM 。琥珀。NAMD 。LAMMPS和。 (
LAMMPS非平衡分子动力学 (NEMD) 纳米线热导率教程—一个代码循环计算不同温度和尺寸
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前言 热力学性质的不均匀性导致的过程为运输过程，温度的不均匀性下的能量运输为热传导现象。显然，热传导是和材料的尺寸和系统处于的环境温度有关。 那么如何根据Lammps循环获得不同温度、不同尺寸下的热导率呢？ 一、平衡态！？什么是非平衡态？ 将一个系统置于两个温度不同的热源之间，最终会在系统内建立一个稳定的 (不随时间变化的) 温度分布。我们说这样的系统处于一个稳态，但不处于一个平衡态。稳态和平衡态都是不依赖与时间的，但前者属于非平衡态。 二、物理模型 以 ArgonArgonArgon 为例，我们选择
lammps模拟中的常用计算命令
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本文介绍了lammps模拟中常用的计算命令，希望能够帮助初学者更好的学习lammps，如果有错误，欢迎各位批评指正。
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lammps绘制温度云图1 命令2 origin绘图 1 命令 compute 1 all chunk/atom bin/2d x lower 0.05 z lower 0.05 units reduced discard yes #X,Z方向分为20块 compute 2 all temp/chunk 1 temp com yes #去除chunk质心速度的温度 fix 1
多尺度仿真软件：LAMMPS_（7）.LAMMPS中的热力学性质计算
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kkchenjj的博客
03-03 1269
在多尺度仿真软件LAMMPS中，计算材料的热力学性质是一个重要的应用领域。热力学性质包括温度、压力、能量、焓、熵等，这些性质对于理解材料的微观行为和宏观性能至关重要。本节将详细介绍如何在LAMMPS中计算这些热力学性质，并提供具体的代码示例和数据样例。
LAMMPS体系温度分析与MATLAB计算
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其中一个重要的方面是对体系温度的分析，它可以提供有关体系热力学行为的重要信息。通常，LAMMPS输出文件的格式为文本文件，其中包含了每个时间步长的原子坐标、速度和其他相关信息。例如，您可以绘制体系的温度随时间的变化曲线，或者计算温度的时间平均值和标准偏差等。这些分析可以帮助您更好地理解模拟体系的热力学行为。在上述代码中，我们首先计算了原子速度的平方和，然后使用统计物理学的公式计算体系温度。接下来，我们可以使用提取的原子速度数据来计算体系的温度。根据统计物理学的定义，体系的温度与原子的平均动能成正比。
LAMMPS体系轨迹分析系列: MATLAB计算数密度
2301_79326559的博客
09-11 578
数密度是指单位体积内的粒子数目，它是研究材料性质和相变行为的重要参数。接下来，我们需要将系统的体积划分为小的体积元素，并计算每个体积元素内的粒子数。通过将粒子数除以体积元素的体积，我们可以获得每个体积元素的数密度。接下来，我们需要将系统的体积划分为小的体积元素，并计算每个体积元素内的粒子数。通过将粒子数除以体积元素的体积，我们可以获得每个体积元素的数密度。然后，我们根据粒子的位置将其划分到相应的体积元素中，得到体积元素的索引（然后，我们根据粒子的位置将其划分到相应的体积元素中，得到体积元素的索引（
lammps输出轨迹转标准格式xyz
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05-03 5164
事情是这样的，跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析，结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了，并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件（如MS，VMD，MDAnalysis）等。
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