Git命令

本文详细介绍了Git本地仓库和远程仓库的操作方法。本地仓库部分包括配置用户名和邮箱、初始化仓库、添加文件、查看状态、版本回退和删除文件等操作;远程仓库部分涵盖创建SSH Key、添加远程仓库、克隆、分支操作、解决冲突、多人协作和标签管理等内容。

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一、本地仓库

1、配置用户名和邮箱地址

Git 为每一个提交都记录名字与电子邮箱地址。
git config --global user.name <"username">
git config --global user.email <"useremail">

2、初始化仓库

git init
通过git init命令把这个目录变成Git可以管理的仓库。
当前目录下多了一个.git的目录,这个目录是Git来跟踪管理版本库。

3、把文件添加到版本库

对用仓库目录下的readme.txt文件。
git add <filename>
将文件添加到仓库,没有任何显示,执行成功。
git commit -m <"message">
将文件提交到仓库。-m后面输入message(引号括住的字符串)的是本次提交的说明。

4、查看

git status
查看仓库当前的状态。可以看到尚未提交的修改和正要提交的修改。
git diff <filename>
查看到文件哪里被修改了(相较于提交的)。
git log
git log --pretty=oneline
查看历史提交,–pretty=oneline参数可简化显示。
git reflog
查看命令历史。

5、版本回退

git reset --hard HEAD^
回退到上一个版本。
git reset --hard <版本号>
指定到某一个版本(差不多前5位)。
在Git中,HEAD表示当前版本,也就是最新的提交ID。上一个版本就是HEAD^,上上一个版本就是HEAD^^,当然往上100个版本写成HEAD~100。
git checkout -- <filename>
命令有两种情况:
一种是文件自修改后还没有被放到暂存区(add),命令就使文件回到和版本库一模一样的状态;
一种是文件已经添加到暂存区后(add),又作了修改,命令就使文件回到添加到暂存区的状态。
总之,就是让文件回到最近一次git commit或git add时的状态。
git reset HEAD <file>
丢弃暂存区的修改。

6、删除文件

rm <filename>
git rm <filename>
git commit -m <"message">
从工作目录中手工删除文件,再从 Git 中移除文件,然后提交。
git rm -f <filename>
如果删除之前修改过并且已经放到暂存区域的话,则必须要用强制删除选项 -f。
git rm --cached <filename>
如果仍保留在当前工作目录中文件,仅是删除缓存,使用 –cached 选项即可。

二、远程仓库

1、创建SSH Key

Linux打开Shell,Windows下打开Git Bash,创建SSH Key:
ssh-keygen -t rsa -C <"youremail@example.com">
如果成功,可以在用户主目录生成.ssh目录,该目录下有id_rsa和id_rsa.pub两个SH Key的秘钥对,id_rsa是私钥,id_rsa.pub是公钥。
在Github的Account settings下,SSH Keys中,新建SSH Key,在Key文本框里粘贴id_rsa.pub文件的内容。
第一次使用ssh密钥时,会提示验证,输入“yes”(千万不能回车)即可。

2、添加远程仓库

Github中默认远程库名为origin。
1)在github中新建一个repository。
2)本地的learngit仓库下运行命令:
git remote add origin git@github.com:<Github用户名>/<repositoryname>.git
3)把当前分支master推送到远程:
git push -u origin master
之后推送:
git push origin master
由于远程库是空的,我们第一次推送master分支时,加上了-u参数。
-u参数时,Git不但会把本地的master分支内容推送的远程新的master分支,还会把本地的master分支和远程的master分支关联起来,在以后的推送或者拉取时就可以简化命令。

3、从远程库克隆

git clone <ssh链接或https链接>

4、创建和合并分支

git branch
查看分支。
git branch <name>
创建分支。
git checkout <name>
切换分支。
git checkout -b <name>
创建+切换分支.
git merge <name>
合并某分支到当前分支。
git branch -d <name>
删除分支。
git branch -D <name>
强行删除分支。如果要丢弃一个没有被合并过的分支,需强行删除。

5、解决冲突

合并分支时会提示冲突:

CONFLICT (content): Merge conflict in <filename>
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

文件存在冲突,必须手动解决冲突后再提交。
git status
可以查看冲突的文件。然后查看对应文件即可查看冲突。重新编辑文件,提交即可。
git log --graph --pretty=oneline --abbrev-commit
用带参数的git log也可以看到分支的合并情况。
git merge --no-ff -m <"message"> dev
备合并dev分支,–no-ff参数表示禁用Fast forward。

6、bug分支

git stash
stash功能可以把当前工作现场“储藏”起来,等以后恢复现场后继续工作。
修复bug时,当时又有正在进行工作。可以先用stash功能可以把当前工作现场“储藏”起来。新建分支,add,commit提交,后回到master分支,合并分支,删除新建分支。
再回到之前分支,“git status”发现工作区是干净的。这时需要恢复现场。
git stash list
可以看到,Git把stash内容存在某个地方了。需要恢复一下,这里有两个办法:
1)
git stash apply
git stach drop
用git stash apply恢复,并git stash drop来删除。
2)
git stash pop
恢复的同时把stash内容也删了。
可以多次stash,恢复的时候,先用git stash list查看,然后恢复指定的stash。
git stash apply <stash标号(例如tash@{0})>
恢复tash@{0}。

7、多人协作

git remote -v
查看远程库信息。
git push origin <branch-name>
把指定分支上的所有本地提交推送到远程库。
git checkout -b dev origin/dev
创建远程origin的dev分支到本地,这样就可以在dev上修改,然后,时不时地把dev分支push到远程。
多人协作的工作模式通常是:
1)git push origin <branch-name>试图用推送自己的修改。
2)如果推送失败,则因为远程分支比你的本地更新,需要先用git pull试图合并。
3)如果合并有冲突,则解决冲突,并在本地提交。
4)没有冲突或者解决掉冲突后,再用git push origin <branch-name>推送。
5)如果git pull提示no tracking information,则说明本地分支和远程分支的链接关系没有创建,用命令git branch --set-upstream-to <branch-name> origin/<branch-name>

9、标签

git tag <tagname> [<commitid>]
git tag -a <tagname> -m <"message"> [<commitid>]
新建一个标签,默认为当前分支最新commit上,也可以指定一个commit id。还可以指定标签信息。
git push origin <tagname>
推送一个本地标签。
git push origin --tags
推送全部未推送过的本地标签。
git tag -d <tagname>
删除一个本地标签。
git push origin :refs/tags/<tagname>
删除一个远程标签。可以登录远程查看是否真的删除了。

参考自:https://www.liaoxuefeng.com Git教程

内容概要:本文详细介绍了扫描单分子定位显微镜(scanSMLM)技术及其在三维超分辨体积成像中的应用。scanSMLM通过电调透镜(ETL)实现快速轴向扫描,结合4f检测系统将不同焦平面的荧光信号聚焦到固定成像面,从而实现快速、大视场的三维超分辨成像。文章不仅涵盖了系统硬件的设计与实现,还提供了详细的软件代码实现,包括ETL控制、3D样本模拟、体积扫描、单分子定位、3D重建和分子聚类分析等功能。此外,文章还比较了循环扫描与常规扫描模式,展示了前者在光漂白效应上的优势,并通过荧光珠校准、肌动蛋白丝、线粒体网络和流感A病毒血凝素(HA)蛋白聚类的三维成像实验,验证了系统的性能和应用潜力。最后,文章深入探讨了HA蛋白聚类与病毒感染的关系,模拟了24小时内HA聚类的动态变化,提供了从分子到细胞尺度的多尺度分析能力。 适合人群:具备生物学、物理学或工程学背景,对超分辨显微成像技术感兴趣的科研人员,尤其是从事细胞生物学、病毒学或光学成像研究的科学家和技术人员。 使用场景及目标:①理解和掌握scanSMLM技术的工作原理及其在三维超分辨成像中的应用;②学习如何通过Python代码实现完整的scanSMLM系统,包括硬件控制、图像采集、3D重建和数据分析;③应用于单分子水平研究细胞内结构和动态过程,如病毒入侵机制、蛋白质聚类等。 其他说明:本文提供的代码不仅实现了scanSMLM系统的完整工作流程,还涵盖了多种超分辨成像技术的模拟和比较,如STED、GSDIM等。此外,文章还强调了系统在硬件改动小、成像速度快等方面的优势,为研究人员提供了从理论到实践的全面指导。
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