算法竞赛入门-DNA序列（DNA Consensus String）

最新推荐文章于 2025-06-18 16:33:56 发布
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本文介绍了如何解决算法竞赛中的DNA序列问题，目标是找到与所有给定DNA序列Hamming距离最小的序列。文章通过分析思路，提出通过计算每列出现最频繁的字母来确定最优解，并提供了实现这一方法的代码。

1.题目

 今天第一题

输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量 小。 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，例如，ACGT和GCGA的 Hamming距离为2（左数第1, 4个字符不同）。输入整数m和n（4≤m≤50, 4≤n≤1000），以及m个长度为n的DNA序列（只包含字母 A，C，G，T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。 如有多解，要求为字典序最小的解。 例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGATAC。

TATGATAC

TAAGCTAC

AAAGATCC

TGAGATAC

TAAGATGT

2.思路

  获取每列的出现次数最多的字母即可。 如果要求hamming，则对每列执行（m减去该列次数最多的字母），相加其中的结果即可。

3.代码

package basic.第三章;

import java.util.Scanner;

/**
 * DNA序列（DNA Consensus String）
 * 题目：
 * 输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序
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题意翻译 输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量小。两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，如ACGT和GCGA的Hamming距离为22（左数第11、44个字符不同）。 输入整数m和n（4≤m≤50，4≤n≤1000），以及m个长度为nn的DNA序列，（只包含字母A、C、G、T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。如有多解，要求字典序最小的解。 输入输出样例 Sample Input 3 5 8 TA
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