分子模拟||查找蛋白质结构方法经验总结-科学指南针

01RCSB

RCSB（https://www.rcsb.org/）是由美国布鲁克海文国家实验室所维护的关于生物大分子三维结构的数据档案，其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据。

1）进入到网站内，在搜索栏中输入想要检索到的蛋白质名称。可通过Advance Search增加筛选条件。

2）选择和自己模拟目的相贴切的结构，通过对比该结构的分类、来源、解析方法等选择合适的蛋白结构。亦可通过阅读解析蛋白的文章，进一步确认该结构是否为自己所需。

3）下载结构，确认蛋白质为所需结构，点击右上方的“Dowload Files”下载PDB格式的文件。

02Uniprot

Uniprot（https://www.uniprot.org/）被认为是收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。由整合Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大数据库的数据而成。他的数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。

进入数据库主页，选定UniProtKB蛋白质数据库，输入检索条目，选择相应的蛋白质。可以看到详细的信息解释，还有一些交叉数据库的链接，比如EMBL、RCSB等。

03NCBI

NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）是美国国家分子生物学信息资源中心，是全球最具影响力多的生物学网站之一。随着NCBI数据库不断更新，NCBI成为科研工作者必不可少的工具。在主页面可以看到，NCBI可以进行在线的序列比对、文献下载、查找序列信息、分析序列等等。

1）搜索蛋白质。中括号中为该蛋白的种属信息，选择合适的蛋白质查看详情，

选定结构后，下载该蛋白的序列信息；

2）也可将搜索选项设置为“Structure”，搜索相关结构信息；

3）序列比对，得到相关蛋白序列后，也可通过“tblastn”模块，比对相似序列。

04其他相关数据库

1）HMDB：人类代谢组数据库（https://hmdb.ca/）于2007年首次发布，被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源，包含有关人类代谢物及其生物学作用、生理浓度、疾病相关性、化学反应、代谢途径和参考光谱的综合信息。

2）Ensembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。可查看下方链接了解：

http://ensemblgenomes.org/。

和NCBI类似，如果你有一个蛋白基因，在这个网站上找到信息后，可以直接查看同源蛋白（ortholog和paralog），不需要blast。

3）CATH：对蛋白质结构进行层次分类，可查看下方链接了解：

http://cathdb.info/。

4）SCOP：提供所有已知结构蛋白质之间的结构和进化关系的相关信息，可查看下方链接了解：

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/。

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