Shell脚本调用java程序 Example

最新推荐文章于 2024-02-06 11:15:31 发布

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本文分享了一个使用Java编写的SVM序列预测脚本。该脚本配置了Oracle JDK 1.8环境变量，并在特定目录下运行ATPpred工具进行n折交叉验证。输入数据包括蛋白质序列和标签文件，通过调整参数来优化预测模型。

#!/bin/bash

export PATH=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-oracle.x86_64/bin:$PATH
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-oracle.x86_64
export JRE_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-oracle.x86_64/jre
export CLASSPATH=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-oracle.x86_64/lib:/usr/lib/jvm/java-1.8.0-oracle.x86_64/jre/lib:$CLASSPATH

cd /nfs/amino-home/hujunum/StructPNB/java/

java _Amain/ATPpred/nFoldCvRUSP1NxSVMSeq ../oData/atp_pdb_seq_b20161105_cd40_b141105.fa ../oData/atp_pdb_lab_b20161105_cd40_b141105.fa 17 13 -c#2#-g#0.0442#-b#1 5 3 ../fea_B161105_CD40 ../result/B161105_CD40_B141105/5cv/PssmPssPsaSsite4atp0.30W17R14