PDB文件头中时间格式解析

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#生物 #PDB #Protein Data Bank #10-MAR-14

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本文介绍了一种用于解析Protein Data Bank (PDB)文件中特定时间格式的方法，该方法可以将时间转换为统一的数值格式，便于进行数据集划分等操作。

在做生物信息学时，经常需要使用到Protein Data Bank中的数据，时不时的需要使用PDB文件中的时间（时间格式为10-MAR-14 (2014年三月10日)）将已有数据分成训练数据和独立测试数据，时间如何解析是一件比较简单的事情，为了方便寻找故将这段代码贴在这里。

<span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255);">
</span>

private static double parsePDBTimeStr(String pdb_time){ // eg.: 10-MAR-14 
		System.out.println(pdb_time);
		
		double year = Double.parseDouble(pdb_time.substring(7, 9)); 
		if (year > 16){ //将年份换算成4位数
			year += 1900;
		}else{
			year += 2000;
		}
		String month = pdb_time.substring(3, 6);
		double mon = 0;
		if (month.equals("JAN")){
			mon = 1;
		}else if (month.equals("FEB")){
			mon = 2;
		}else if (month.equals("MAR")){
			mon = 3;
		}else if (month.equals("APR")){
			mon = 4;
		}else if (month.equals("MAY")){
			mon = 5;
		}else if (month.equals("JUN")){
			mon = 6;
		}else if (month.equals("JUL")){
			mon = 7;
		}else if (month.equals("AUG")){
			mon = 8;
		}else if (month.equals("SEP")){
			mon = 9;
		}else if (month.equals("OCT")){
			mon = 10;
		}else if (month.equals("NOV")){
			mon = 11;
		}else if (month.equals("DEC")){
			mon = 12;
		}
		double day = Double.parseDouble(pdb_time.substring(0, 2)); 
		return year*10000+mon*100+day;
	}