常用oops分析方法

本文介绍了一种在遇到内核模块加载失败时的调试方法。通过使用arm-linux-objdump工具,可以解析oops错误信息并定位到具体的代码位置。文章还提供了一个具体的调试实例。

         插入内核模块时出现oops信息,一般调试方法:

         在宿主机上:

        # arm-linux-objdump -D -S oops.ko > log

 

         在生成的log文件中,根据insmod出现的PC指针,寻找相关函数和具体位置;



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转载别人的例子:

http://blog.youkuaiyun.com/hunhunzi/article/details/7052032#






### 模体分析在生物信息学中的方法与工具 模体(motif)分析是生物信息学中一种重要的技术,用于识别DNA、RNA或蛋白质序列中具有生物学意义的短序列模式。这些模体通常与调控功能有关,例如转录因子结合位点(TFBS)、剪切位点或翻译起始信号等。 #### 1. **模体分析的主要方法** - **基于枚举的方法**:通过穷举所有可能的k-mer(长度为k的序列片段)来寻找频繁出现的序列模式。这种方法适用于较短的序列和较小的数据集,但在大规模数据中效率较低。 - **基于概率模型的方法**:如Gibbs采样算法,利用统计模型从一组序列中推断出最可能的模体[^1]。这种方法常用于发现未知模体。 - **基于期望最大化(EM)算法的方法**:通过迭代优化,寻找使目标函数最大化的模体位置[^1]。常见的工具包括MEME套件。 - **基于比较基因组学的方法**:通过比较不同物种间的保守区域来识别潜在的功能性模体。 #### 2. **常用的模体分析工具** ##### (1)MEME Suite MEME(Multiple EM for Motif Elicitation)是最广泛使用的模体发现工具之一,支持多种输入格式并提供丰富的分析选项。它采用EM算法进行模体识别,并能生成可视化结果。 ```bash meme input.fasta -dna -mod oops -nmotifs 5 -maxsize 1000000 ``` ##### (2)DREME DREME是MEME Suite的一部分,专门用于快速识别DNA序列中的短模体(通常小于8个碱基)。适合处理ChIP-seq或ATAC-seq数据中的调控元件检测。 ##### (3)HOMER HOMER是一个功能强大的工具包,支持从头模体发现、已知模体匹配以及染色质可及性分析等功能。常用于分析高通量测序数据,如ChIP-seq、CUT&Tag等。 ```bash findMotifs.pl input.bed hg38 output_dir -size 200 ``` ##### (4)FIMO FIMO用于将已知的模体(如来自JASPAR或TRANSFAC数据库的PWM)与目标序列进行比对,识别其出现的位置。 ##### (5)Tomtom Tomtom用于将新发现的模体与已知模体数据库进行比对,评估它们之间的相似性,帮助注释模体的生物学功能。 #### 3. **模体数据库** - **JASPAR**:一个开放获取的转录因子结合位点模体数据库,提供高质量的手动注释模体集合[^1]。 - **TRANSFAC**:商业数据库,包含广泛的真核生物转录因子及其结合位点信息。 - **CIS-BP**:提供大量实验验证的模体信息,涵盖多个物种[^1]。 #### 4. **应用场景** - **启动子区域分析**:识别基因上游调控区的转录因子结合模体。 - **非编码RNA调控元件识别**:例如miRNA靶标位点或RNA稳定性元件。 - **表观遗传学研究**:如甲基化敏感位点或染色质重塑相关模体。 - **合成生物学**:设计具有特定调控功能的人工DNA序列。 ---
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