【Workflow】标准流程描述语言 WDL最佳实践

最新推荐文章于 2025-05-16 13:57:47 发布
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WDL（Workflow Description Language）是 Broad Institute 推出的流程描述语言，配合Cromwell执行引擎能更好地运行GATK等工具。本文介绍了WDL的基础结构，包括workflow、task、call、command和output，展示了如何添加变量和构建流程。通过线性串联、多输入/多输出、Scatter-Gather并行等方式组装task，以及如何在Cromwell中运行WDL脚本。同时，文章讨论了Cromwell的高级特性，如glob、Call caching和批量计算的runtime设置，帮助优化工作流执行效率。

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标准流程描述语言 WDL最佳实践

什么是WDL？

  • WDL 是 Workflow Description Language的缩写，有时也写作 Workflow Definition Language，是美国 Broad Institute 推出的工作流描述语言。
  • WDL + Cromwell（an execution engine that can run WDL scripts）是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。
  • WDL是一种流程编写语言，没有太多复杂的逻辑和语法，入门简单。
    WDL

Hello World

首先看一个hello world的例子:

workflow myWorkflow {
   
   
    call myTask
}
ta
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【Workflow】10分钟快速了解WDL/Cromwell工作流
小哲的博客
06-20 1188
WDL是定义组织任务与工作流的一种语言，主要面向生物信息/基因组学等领域。Cromwell 是WDL语言的任务管理引擎， 在 BSD 3-Clause 许可下开源。
[每周一更]-(第112期)：WDL（Workflow Description Language）说明及使用示例
hmx224_2014的专栏
08-30 1374
WDL（Workflow Description Language）是一种用于定义数据处理工作流的语言，旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。WDL主要用于生物信息学领域，但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。WDL的设计目的是简单、易读、可扩展，并与各种执行引擎兼容，如Cromwell和MiniWDL。WDL是一种强大且灵活的工作流描述语言，适用于各种复杂的数据处理任务。通过定义任务和工作流，研究人员和开发人员可以轻松描述和执行多步骤的数据处理管道。
WDL 流程语言编写及进阶（标准结构/线性输入输出/默认参数设置/判断语句）
qq_40815731的博客
05-17 3915
目录 简介 1、WDL 的标准结构 2、进阶版：线性输入 3、进阶版：默认参数输入如何设置 4、进阶版：判断功能 简介 WDL 定义了一个可执行的流程，它由call调用的一系列task组成，task 是一个模块化的一系列命令，可以复用，由call 语句调用在workflow block里面。task本身定义在外围，它可以import，建议这么书写，增加可保护性。task调用顺序及书写顺序不决定流程执行task的顺序，但是建议顺序书写。task层的变量可以引用workflow层的变量，也
免费WDL文件阅读器：生物信息学工作流解读工具
最新发布
weixin_42560991的博客
05-16 1079
WDL文件阅读器的首页及欢迎界面是用户初识应用的第一印象。通常，在设计上，这些界面会力求简洁而不失友好，让新用户能够迅速了解应用的基本功能并启动其第一个WDL文件的阅读和编辑。在布局上，首页会优先展示一个清爽的背景图，上面有应用名称和简短的介绍文字。通过简洁的动画效果，引导用户进行下一步操作。此外，可能还会包含一个“快速入门”按钮，帮助新手用户快速学习如何使用这款工具。一般来说，欢迎界面也包含有教程视频或引导，以及一个“开始阅读”按钮，让用户能够快速跳转到文件操作界面。
GATK官方推荐的workflow语言-WDL
庐州月光的博客
05-16 938
欢迎关注"生信修炼手册"！在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline...
GATK --- wdl 语言
weixin_30526593的博客
10-16 615
GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar eg workflow helloWorld{ call myTask; } task myTask{ commond{ ec...
强力推荐：Workflow Description Language（WDL）——数据处理流程的未来标准
gitblog_00865的博客
08-28 480
强力推荐：Workflow Description Language（WDL）——数据处理流程的未来标准 在现代数据分析和自动化工作流的世界中，一个强大且易用的描述语言至关重要。今天，我们要向您推荐的正是这样一款工具——Workflow Description Language（WDL），它正在逐渐成为数据科学家、生物信息学家以及系统操作员的得力助手。 项目介绍 WDL是一个开放标准，以其人性化...
WDL语言规范及实现：定义和并行执行数据处理工作流
总之，WDL作为一种工作流描述语言，已经成为了生物信息学和相关领域中实现复杂数据分析流程的标准。它的可读性、可移植性、以及在多种平台上的兼容性，使它成为跨学科研究和数据密集型任务的理想选择。
Python库 | wdl-lsp-0.0.54.tar.gz
03-11
"wdl-lsp"（可能代表Workflow Description Language Language Server Protocol）可能是一个针对Workflow Description Language（WDL）的实现，WDL是一种用于描述生物信息学和其他科学计算工作流程的开源语言。...
流程详解：使用WDL脚本实现序列数据格式CRAM、FASTQ到BAM的转换
5. WDL(Workflow Description Language):WDL是一种用于编写、部署和执行生物信息学工作流的语言。文档中的"配对-fastq-to-unmapped-bam"脚本是用WDL编写的，这个脚本能将成对的FASTQ格式数据转换为uBAM格式并添加...
MitoHiFi-Workflow
03-06
这个工作流程基于WDL（Workflow Description Language），这是一种标准化的语言，用于定义和执行复杂的计算任务，尤其是在生物信息学中的大规模数据处理。WDL使得科学家们能够以可重复且易于理解的方式描述他们的...
WDL学习
闲敲棋子落灯花
04-13 3142
最近想把GATK流程化，方便后续工作。看到WDL+Cromwell的方法还是比较方便的。而且后续GATK出来的best practice也是按照WDL写的。就相当于是学习了。这里记录3个用的可能比较多的例子，具体的可见官网。 case2. 编写一个多步骤（multi-step）流程 例子数据下载 这个任务是要分开从haplotypeCaller得到的SNP和indel。 ...
WDL脚本实战（一）-工作流、程序体、语法检查、输入输出及运行
ygyxl的博客
11-28 5690
WDL是由Broad Institute开发的一种生物信息流程开发语言，与传统的shell流程相比，具有复用性好、支持多种集群架构、便于多任务并行等优势，初次接触，写了个简易流程试水。 1.WDL参考资料 WDL语言的一些基本概念可参考以下教程： Cromwell +WDL学习：https://blog.youkuaiyun.com/qq_41551450/article/details/93486438 GATK Cromwell +WDL学习：https://blog.youkuaiyun.com/theomarker/ar
WDL - 基础结构（入门）
二进制杯莫停的博客
02-10 5672
该工作流描述语言（WDL）是指定数据处理与人类可读且可写的工作流的语法的方式。WDL使定义复杂的分析任务，在工作流中将它们链接在一起并使其执行并行化变得很简单。该语言使常见的模式易于表达，同时也允许不常见或复杂的行为。并努力实现不仅在执行平台之间，而且在不同类型的用户之间的可移植性。无论是分析师，程序员，生产系统的操作员还是任何其他类型的用户，WDL都应易于访问和理解。 让我们看看核心组件是如何在...
wdl脚本实战
weixin_51334807的博客
02-07 783
教程：https://github.com/openwdl/wdlwdl概述：每个wdl脚本包含一个workflow，每个workflow包含多个task，通过调用task执行命令。适合于流程化的多个步骤，例如后一个步骤依赖前一个步骤的产生结果。
WDL学习笔记
weixin_30912051的博客
07-08 1130
WDL是什么？ WDL是由Broad Institute开发的一种流程开发语言，全称workflow description language，官方链接如下:https://software.broadinstitute.org/wdl/ WDL的编写 WDL有自己的语法规范，它是一种描述性语言，可读性很高。 每种语言都有自己的hello world，WDL也不例外...
GATK Cromwell +WDL学习
闲敲棋子落灯花
03-20 5166
WDL （一个workflow description language）+ Cromwell（an execution engine that can run WDL scripts）是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。 WDL Base structure Top-level components: workflow, task and call ...
Cromwell +WDL学习
zjmy的博客
06-24 4275
WDL （一个workflow description language）+ Cromwell（an execution engine that can run WDL scripts）是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。 WDL是一种流程编写语言，没有太多复杂的逻辑和语法，入门简单。首先看一个hello world的例子 workflow myWorkflow {...
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