分享 |转录组测序那些事儿

本文介绍了RNA质检标准,包括OD值、RNA胶图和RIN值,强调了RNA完整性的关键性。讨论了RNA降解的原因、处理不合格RNA的方法,如风险建库和重新送样。同时,分析了RNA降解对测序结果的影响,如mapping率和差异表达基因的扭曲。此外,还解释了转录组测序与qPCR结果不一致的原因,如批次效应和检测方法的不同。

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RNA质检

优秀的RNA应该有的样子

1. OD值:

OD260/OD280:1.8-2.4

OD260/OD230:1.5-2.4

2. RNA胶图认证:

要求28S条带要比18S条带亮一倍,且条带不弥散

试剂盒提取一般不会出现5S条带哦~

3. Agilent 2200鉴定RNA 的完整性

RIN(RNA integrity number):

1≤RIN≤6:明显降解,RIN值越小,降解越严重

6≤RIN≤7:轻微降解,或者样本特殊,需根据峰形图、胶图、样本类型综合考虑

7≤RIN≤10:RNA的完整性较好,可以开展后续实验。

 据研究表明,在活细胞中,mRNA降解受到严格的调控,转录本会在不同的机制下以不同的速度降解,mRNA的合成及降解的平衡有利于mRNA的丰度稳定,从而有益于生命体的正常运转。但一旦样本离开活体后,RNA的降解就不属于正常细胞的生理过程了,目前还不确定死亡组织中RNA的降解是否具有一

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