本文介绍了三个利用组学方法研究铁死亡并关联到铜死亡的思路。首先，通过生物信息学挖掘铁死亡相关lncRNAs在头颈部鳞状细胞癌中的预后信号。其次，利用单细胞表观研究揭示DPEP1和CHMP1A作为肾脏疾病基因和铁死亡调控因子。最后，通过肠道微生物16S测序探究早产儿肠内铁剂量对肠道菌群及铁死亡影响。这些研究方法为铜死亡的相关研究提供了启示。
上一篇小编带大家一起总结了三种可以在“铜死亡”研究中借鉴的组学思路，今天咱们继续分享。
1、纯生物学信息学分析挖掘：铁死亡相关的长非编码RNA信号预测头颈部鳞状细胞癌预后
发表期刊：Int J Biol Sci
发表时间：2021年1月
影响因子：10.75分
研究背景：头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是影响头颈部不同组织器官的肿瘤，因早期无症状及缺乏HNSCC早期检测，所以其患者5年生存率低于50%，即使在治疗后该疾病的复发和转移风险仍然很高。铁死亡是一种可以观察到各种疾病状况的新型铁依赖性和ROS依赖性细胞死亡类型。
样本来源： TCGA数据库中HNSCC相关的RNS-Seq数据（42例正常、487例癌症）。
研究方法及结果：
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数据收集：从TCGA数据库中提取HNSCC相关的RNS-Seq数据（42例正常、487例癌症），从FerrDb数据库中下载铁死亡相关基因。最终确定了259个与铁死亡相关的基因。
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差异表达分析：确定65个铁死亡相关的DEGs，其中18个下调，47个上调。
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基于铁死亡的lncRNA
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