Circular RNA的产生机制、功能及RNA-seq数据鉴定方法

本文介绍了环状RNA(circRNA)的产生机制,包括backsplicing过程,以及其四种主要类型。circRNA在生物学中扮演多重角色,如miRNA海绵和蛋白质结合。它们与多种疾病,特别是癌症相关,并通过RNA-seq技术进行鉴定。文中还讨论了实验验证方法和生物信息学工具,以及相关数据库资源。

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【Circular RNA的产生机制】

Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点。

CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生,明显不同于线性RNA(linear RNA)经典的5′–3′的模式。因此,circRNA不含有线性RNA的经典结构,如5′端加帽,3′端有poly A尾巴等,而是形成了一个环状。

CircRNA按照含有的外显子和内含子模式,主要可以分为以下四类:

1)单外显子circRNA,single exon circRNA;

2)多外显子circRNA,multi-exon circRNA;

3)外显子和内含子共存的circRNA,exon-intron circRNA;

4)内含子circRNA,intronic circRNA;

具体如下图所示:

CircRNA的四种主要类型示意图(图片来源:Greene et al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2017)


CircRNA的表达模式多样且复杂(具体如下图所示)。比如GCN1L1基因产生的circRNA在人类中明显表达,但在小鼠中却很少表达(如下图B所示)。而且,circRNA的剪接模式多样,其中,alternative back-splicing有5′端和3′端两种

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