小鼠与人类ID转换

最新推荐文章于 2024-12-06 20:00:00 发布
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#经验分享

发现一个好用的R包，homologene
之前用的包是biomart，不好用，老是连不上网

install.packages('homologene')
library(homologene)
mouse_ID<-read.table("/Users/y/Desktop/小鼠ID.txt",header=T,sep="\t")

genelist<-mouse_ID$id
a<-mouse2human(genelist)
write.table(a,"/Users/y/Desktop/小鼠ID转换.txt",sep="\t",quote=F,row.names=T)
小鼠参考基因组id转换gtf文件chb注释官网下载相应的基因中注释文件gse155802 getmatrixgenecode 参考基因组下载序列比对 hg19 索引文件mapping referece
生信小博士的博客
11-09 1366
我想要研究的基因组我怎么知道是这个的呢 ，因为这篇文献里面提到。
BiomaRt 将小鼠的ENTREZID转化为人类的ENTREZID（同源ENTREZID转换）
watermel__的博客
11-20 3041
geneexp.entrez_id = mapIds(x = org.Mm.eg.db, keys = geneLookup, keytype = "ENSEMBLTRANS", column = "ENTREZID") #先将小鼠的转录本ID转为小鼠的ENTREZID library(annotationTools) library(biomaR
生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换
BioInfoNotes
09-08 1万+
当我们做的转录组或者芯片的数据是小鼠的时候，对于下游的分析，比如GSEA等分析要对生物学数据库注释，发现绝大部分数据库都是人类的基因名字，这个时候我们需要将小鼠的基因映射到人上，就是找小鼠...
人鼠同源基因列表转换
weixin_56577499的博客
06-03 2969
Ensemble数据库获取人鼠对照基因进行人鼠基因列表转换
人与小鼠基因名转换
Tiaoxiaobai的博客
12-06 565
借助homologene包转换人源和小鼠基因
【生信】R语言进行id转换的方法（附可直接使用代码）
m0_53347750的博客
01-05 8101
利用R语言进行ncbi数据库的id转换，生信必会，附代码，可以直接使用，讲解gene assignment和gene symbol的关系
人基因转换小鼠基因
shy_321的博客
09-08 2329
目录直接大小转换使用基因同源对照表 问题：https://mp.weixin.qq.com/s/1iuKrNwtpU4Z-Jz7SdaA3w 直接大小转换 大多数情况下，人类gene symbol是全大写，转换成小鼠，把除首字母外的字符变成小写就好了。 现在，我们按照直接首字母转换的方式来进行代码编写。有些gene 不能直接转换，我们就直接返回NA， 避免返回错误的答案。 library(org.Mm.eg.db) ### 获取小鼠全部gene symbol all_mm_gene_symbol &lt
用biomaRt进行基因ID转换
leo12354的博客
06-04 1万+
今天，终于学会了之前看上去很神奇的ID转换。之前分析RNA-seq数据结果之后，拿到的结果很让我烦躁，因为，如图。 我怎么知道那个ID是个什么基因？于是乎，我就搜索。 用到了biomart,这个ensmbl网站上的一个工具。大致流程可以参考下面两个链接： 基因转换小工具很实用 批量转换基因名教程 比对着教程，做了一点操作，但是感觉很繁琐，而且，最后的结果和原来CSV文件里的顺序是不一样的，截图如下： 这样受到了限制，因为一次性最多500个基因名，那么我要是有1500个，我要分三次检索，整个过程还算可以忍受
GEO的表达矩阵的探针ID转换成基因名称教程
qq_40073899的博客
07-12 2204
在基因表达数据分析中，了解特定的基因探针平台（GPL）的注释信息是非常重要的。`GEO`，或者称为`Gene Expression Omnibus`，是一个存储高通量基因表达数据（如微阵列和次世代测序数据）的公共数据库，由美国国立生物技术信息中心（NCBI）管理。每个数据集通常与一个或多个探针平台相关联，这些平台在GEO中被指定为GPL（Gene Expression Omnibus Platform）。
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
03-18 9608
生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
task1-人鼠基因转换之首字母大写
coding_Joash的博客
09-07 579
library("hash") #加载能用哈希数据结构的包 human_gene <- c("PTPRC","EPCAM","MME","CD3G","CD3E","CD68","CD79A") #若干人类基因 upper_low <- function(var) { hash_letters <- hash( toupper( letters ), letters ) position=1 for(letter in strsplit(var,split = "")[[
不同种属之间 同源基因的批量转换（R语言）
sjdaisy的博客
03-19 4131
具体代码如下 #安装homologene这个R包 install.packages('homologene') #加载homologene这个R包 library(homologene) #我的列表是人类的基因列表 options(stringsAsFactors = F) #读取代转换基因列表(如下图 genelist1<-read.table("human.txt",header = T,sep = "\t") #将上述读入的数据框格式转换为字符串的列表格 genelist2 &l.
人鼠基因同源转换
m0_51042606的博客
09-11 4139
工具：R语言biomaRt包 生物学背景：同源，最基本的意义就是具有共同祖先。当然这里不是说人和鼠有相同的祖先，我们这里的分子水平的同源性。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度，那我们就说二者同源，就是说可以相互转化的基因具有一定的序列相似性，那么二者的基因便可以成为同源基因。许多不同的物种间都具有同源性。现代分子生物学中的同源性描述的是基因与基因之间相似关系，它表明的是两个相比较的序列之间的匹配程度。一般来说，如果两条基因序列相似性达80% ，就可以把它们称为
R：生信技能树学习笔记二(热图 id转换)
weixin_73362123的博客
11-26 661
生信技能树小破站：R应该这样学5-7。
biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换
BioInfoNotes
10-10 9844
TCGA|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor| 服务器与Linux在之前，我介绍过生物学中常听见的各种ID名称【参考文章：常用生物信...
Ensemble ID格式及转换
热门推荐
shy_321的博客
06-17 1万+
目录Ensemble IDEnsemble ID 格式Ensemble ID转换bitrselectbiomaRt 转换参考吐槽 Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。 Ensemble
2021-09-11-生信技能树-作业1
wizardsers的博客
09-11 399
人鼠基因转换之首字母大写 首字母大小写转换 但是有个问题，并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。 #改进版本 human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因 upper_low <- function(var) { var = tolower(var) first_letter = toupper( substr(var ,
单纯的富集分析AM1_clusterprolifer AM1 marker与纤维化交集的基因 --富集分析 单纯的富集分析AM1_clusterprolifer_单纯基因做富集分析只做富集分析
生信小博士的博客
05-27 160
单纯的富集分析AM1_clusterprolifer AM1 marker与纤维化交集的基因 ---------富集分析 单纯的富集分析AM1_clusterprolifer_单纯基因做富集分析只做富集分析单基因做富集分析 #######差异分析 ###########################33 library(Seurat) library(SeuratWrappers) library(clusterProfiler) library(ggplot2) library(dplyr) libr
生信基础 | 人-小鼠基因之间的比较
BioInfoNotes
09-18 2950
接前文：生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换先看看MSigDB中的基因ENTREZID是否可以全部转化为SYMBOL。library(biomaRt) library(clusterP...
如何将蛋白质ID与基因ID映射
最新发布
03-22
<think>好的，用户想了解如何将蛋白质ID与基因ID进行映射的方法、工具和数据库。首先，我需要回忆一下相关的生物信息学知识，常见的数据库和工具。根据用户提供的引用内容，特别是引用[1]和[3]，提到了基因ID与数据库兼容性的问题，以及CottonGVD这样的数据库如何整合多组学数据。这可能涉及到不同数据库之间的ID转换。 首先，我应该先解释ID映射的基本概念，比如为什么需要这样做，可能的应用场景，比如功能注释、数据分析等。然后，分步骤说明常用的方法，比如使用数据库自带的映射工具，或者专门的转换工具。接下来，列出常用的数据库，比如UniProt、Ensembl、NCBI等，它们通常提供ID映射服务。然后介绍具体的工具，比如BioMart、g:Profiler、DAVID，或者编程工具如BioPython。 用户提供的引用中提到了NCycDB和CottonGVD，这些可能作为例子说明特定领域的数据库如何处理ID映射。比如，NCycDB的直系同源组鉴定可能帮助减少假阳性，而CottonGVD通过功能模块链接不同ID。需要注意用户提到的注意事项，如基因ID的兼容性，不同物种的差异，工具的系统要求等。 用户可能遇到的问题是不同数据库的ID命名规则不同，导致映射困难，或者工具的使用复杂度。因此，需要强调检查ID的来源和版本，确保数据库的兼容性，以及使用可靠的工具。此外，可能还需要提到一些在线工具和脚本的使用方法，比如UniProt的ID映射服务，或者使用R的clusterProfiler包。 还要注意回答的结构，按照系统指令的要求，使用中文，分点清晰，正确使用LaTeX格式，比如在提到公式时用$...$，但这里可能不需要数学公式，更多的是工具和步骤的说明。最后，生成相关问题，比如如何解决ID不匹配，推荐特定物种的工具等。 需要确保引用用户提供的三个引用，特别是在注意事项部分，比如引用[1]提到的兼容性和安装要求，引用[2]关于直系同源组的作用，引用[3]关于数据库的功能模块。这些引用需要自然地融入回答中，比如在讨论数据库时提到CottonGVD的例子，或者在注意事项中引用兼容性问题。 可能还需要补充一些用户未提到的常用工具，比如KEGG、STRING数据库，或者编程解决方案如Python的mygene库。同时，需要提醒用户注意ID版本，比如Ensembl的版本号可能影响映射结果，以及不同数据库更新可能导致ID变化。 总结回答的结构：先概述映射的必要性，然后分方法、工具、数据库、注意事项，最后相关问题。确保每个部分都简明扼要，引用相关文献，并符合用户的引用格式要求。</think>### 蛋白质ID与基因ID映射方法 #### 1. **映射原理** 蛋白质ID与基因ID的映射基于基因组注释信息。在基因表达过程中，一个基因可能对应多个转录本和蛋白质产物，因此映射需依赖数据库中的**基因注释文件**或**关联表**。例如，$Gene\_ID \rightarrow Transcript\_ID \rightarrow Protein\_ID$ 的层级关系是常见模式[^3]。 #### 2. **常用方法** - **数据库直接查询** 通过生物数据库（如UniProt、Ensembl、NCBI）的内置工具直接检索。例如： - **UniProt**: 输入蛋白质ID（如`P12345`）可获取对应的基因ID[^1]。 - **Ensembl Biomart**: 支持批量映射，适用于多物种和多ID类型。 - **专用工具转换** - **BioMart**: 跨数据库的ID映射工具，支持自定义过滤条件[^3]。 - **g:Profiler**: 提供API和网页界面，支持多种ID类型的转换。 - **DAVID**: 功能注释工具内置ID映射模块，适合功能富集分析。 - **编程实现** 使用Python/R脚本结合生物信息学包： ```python # 使用BioPython查询NCBI数据库 from Bio import Entrez Entrez.email = "your_email@example.com" handle = Entrez.esearch(db="protein", term="NP_001304113") record = Entrez.read(handle) gene_id = record["IdList"][0] # 获取对应基因ID ``` #### 3. **核心数据库** - **UniProt**: 提供蛋白质ID与基因ID的映射表，支持多物种[^1]。 - **NCBI Gene**: 通过`gene2accession`文件关联Gene ID与Protein ID。 - **Ensembl**: 提供基因、转录本、蛋白质的完整关联数据，支持API查询。 - **KEGG**: 整合代谢通路中的基因与蛋白质对应关系。 #### 4. **注意事项** - **ID兼容性**: 不同数据库可能使用不同命名规则（如`ENSG00000139618` vs. `BRCA1`），需统一来源。 - **物种特异性**: 例如，人类基因ID以`ENSG`开头，而小鼠以`ENSMUSG`开头[^3]。 - **版本更新**: 基因组注释版本更新可能导致ID变化，需记录数据来源版本[^2]。 #### 5. **案例分析** 以棉花基因组数据库**CottonGVD**为例，其通过“工具箱”模块提供基因ID与蛋白质ID的快捷映射功能，用户可直接输入基因ID查询其编码的蛋白质信息，并链接到多组学数据。 ---
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