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RSS订阅原创 WSL2终端运行py文件完成模型相关任务_日志
1. 编写好一个模型训练.py文件，一个模型评价.py文件。每个py文件有一个供系统内别识别的名字，即“__name__”，但这个文件被执行时这个name被记为main，所以文件中if __name__ == '__main__':的判断条件是此模块是否被运行（区别于单纯引入等其他情况）。在我的训练文件中，所有数据处理、模型训练、保存等语句都写在这个判断下；在我的评测文件中，只有print语句写在这个判断下。注意拷贝的目标路径，只指定了上级文件夹名称，没有新建一个想要的文件夹名，这种情况下会自动创建。
2025-11-16 12:17:26
324
原创 将DMN沿主要(功能)梯度置于宏观尺度的皮层组织框架中
最后，一项基于任务的功能元分析揭示了该梯度的功能特征谱：从单模态皮层向梯度极端端（即默认模式网络）过渡时，功能抽象水平逐步升高。该梯度的一端锚定于负责感知与运动的系统，另一端锚定于跨模态联合皮层相关区域，在人类大脑中对应DMN。DMN区域与初级感觉或运动区域有沿皮层表面的最远测地距离，这一发现意味着主梯度与皮层内在几何结构吻合，进一步表明这一梯度轴可能为皮层构造提供了关键的蓝图。一项基于猕猴束路追踪数据的比较分析发现了相应的梯度，为“连接变化轴的系统发育保守性”提供初步证据。本博文翻译其中讨论部分。
2025-10-11 08:39:06
303
原创 Replay-triggered brain-wide activationin humans
e在fMRI定义的感兴趣区（绿色轨迹，海马体）上，EEG衍生的回放概率可用于检测该区域与与其他脑区功能连接性的变化（回放概率序列与海马体的神经活动相乘），此变化即一种关于回放概率的函数（心理生理交互作用分析 Psychophysiological interaction PPI）。此处展示的数据（解码结果，脑电回放及耦合的功能磁共振）来自代表性受试者。理解为将高时间分辨率的EEG来源时间序列转换为BOLD信号会有的时间“变形”，这样生成的序列可以直接与真实的fMRI序列作相关性分析，在一个“量级”上。
2025-10-05 00:13:07
312
原创 2018_Nature Communications_Toward a universal decoder of linguistic meaningfrom brain activation
这两种预测都天然适合用成对分类的方法作评估，尤其是在交叉验证框架下，只需留出两个测试刺激及其影像数据，用其余数据构建模型即可。本研究与其他研究都采用提取刺激的表征的方法，这一方法保证了更多评估策略的可行性，如通过对预测向量与其他数百上千的概念或文本的抽取向量的准确率进行比较，或对刺激作近似重建。附表7从所用刺激的类型及范围角度对研究进行了对比。若不可行，最常用的是交叉验证法，即从同一实验中划分部分数据为训练集，其余部分为测试集。为了更清晰地对比相关研究与本研究的异同点，我们在补充表中归纳了关键的研究特征。
2025-09-26 12:49:15
203
原创 EEG_一篇文章中分析方法的梳理
多模态预测重症监护室中的残留意识：CONNECT-ME研究丹麦哥本哈根大学医院2023年发表在BRAIN的文章。
2025-08-25 18:55:25
200
原创 rs-fMRI_两篇文章中分析方法的梳理
APOEε2024美国梅奥诊所发表在的文章。“APOE ε4等位基因对后皮质萎缩与进行性语言障碍型失语症的网络内及网络间功能连接的影响”
2025-08-21 22:18:10
307
原创 batchnorm类
为例，x=3，可见输出的batchnorm后y=0.2627.查看模型记录的均值及方差，计算y=0.286799，理解是大致这样的计算过程。（为什么数值不完全一致，我也不清楚，等我清楚了再回来写。
2025-07-12 22:52:49
162
原创 Python CT Brain
WL：level 中心位置 WW：窗宽。故a brain is W:80 L:40，0以下是黑色，80以上是白色。
2025-03-20 00:24:19
967
原创 torch_loss in classification tasks
先传递预测值、再传递真实标签。reduction可选择sum或者mean。可以传递indices或者概率的张量，前者一个样本对应一个数，后者一个样本对应一个向量，不需要设定参数，函数以同样的方式计算。例如：1）indices，识别为 2批次，每批次3样本（截图引用自文末reference1），然后标签（target）里的每一个数值对应一个样本。1）概率向量，识别为 1批次，此批次2样本（截图引用自文末reference1），然后标签（target）里的每一个长度为3的向量对应一个样本。
2025-01-14 21:52:27
351
原创 pd缺失值赋值填补及独热
2）dummy功能只在dtype非object的列中起效，如字符内容，而0或1构成的列不会再被处理；3）fillna可处理赋值None的缺失位置。1）赋值“None”可被识别为缺失值；
2025-01-12 18:22:02
187
原创 Restricted Cubic Splines_plot
RestrictedCubicSpline曲线实质是构建模型后，以自变量为横坐标，以模型代入自变量的预测结果画出纵坐标的曲线。对于一个事件的预测，例如逻辑回归，是对对数几率的回归。可以用Predict(fit, x,fun=exp)得到OR作y坐标，也可以不指数化，得到预测率作y坐标。RCS放宽线性关系，又指定拐点避免过拟合。（注：以下截图来自文末reference1）（注：以下截图来自文末reference2）（注：以下截图来自文末reference3）
2024-12-29 20:15:51
474
原创 Preprocess: nifti _ coordinate systems and affines （影像预处理：nii影像的坐标轴与仿射矩阵）
常以仪器中心为原点（0，0，0），三条正交轴，以。示意图为”scanner XYZ“坐标系。确定参考空间：坐标轴的起点、方向、单位。像素数组+放射矩阵+元信息。体素是有体积的像素。
2024-12-22 19:11:13
496
原创 Python_files
2）os.walk(top, topdown=True)遍历所有内容物，包括子文件夹的文件。1）os.listdir(path) 第一级目录的文件夹和文件，不会返回子文件夹的文件。
2024-11-24 14:08:26
242
原创 Python_string
re.match从开始查找，re.search从任意位置匹配。re.sub(pattern, repl, string, count=1) 查找后替换。
2024-11-24 13:12:52
349
原创 tensorflow2.1以下指定gpu版本安装-wsl
conda info --envsconda remove -n BrainIMG --allconda list pythoncd ~/MYDOC/Brain/conda create -n BrainIMG python=3.11conda activate BrainIMGconda install -y python=3.6pip install tensorflow-gpu==2.6.0 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install
2024-11-20 21:24:50
166
原创 Tensorflow2.1以上版本-wsl
第一个尝试模型来自kaggle monkira的笔记。【Reference 1】试训练，用预训练的模型作后续的IS相关处理。
2024-11-19 20:57:51
268
原创 WSL从安装miniconda到跳转jupyter
Windows的tensorF.不能用gpu，所以重新在ubuntu系统配置环境，目的是在ubuntu系统的jupyter中使用python，并使用GPU训练tensorflow及keras模型。2.11以上tensor不区分gpu版本和cpu，要使用gpu只能在ubuntu系统安装tensor。或者在windows安装2.10以及更早的tensorflow。配置 jupyter notebook --generate-config。windows中相关路径，已弃用。
2024-11-19 18:54:58
614
原创 2019_Computers in Biology and Medicine_DOI:10.48550/arXiv.19_Pharases and Techniques in Publications
A. For skull stripping, 50% of low value pixels to 0 and then stretch other values to have the peak of histogram at pixel with value 100 that corresponds to grey matter. B. For tumor segmentation, 仅作将最大值变换为100的处理。MF中心到边界的距离，在归一化及平均平滑前后差值的标准差，值越小提示越平滑。
2024-11-17 18:01:11
989
原创 2022_Circulation_PMID36124774_Pharases and Techniques in Publications
O_心脏瘢痕评估的非侵袭性“金标准”：采用轧延迟显影方法的心血管系统磁共振成像。“a contrast-free approach would provide many advantages, including a faster and cheaper scan without contrast-associated problems.” 简炼描述了非增强方法的优势：快、便宜、无对比剂相关的各种问题（过敏、肾功要求和影响等等）。
2024-10-19 20:31:44
554
原创 FSL交互界面在WSL2中不能显示
1）打开Xlaunch，Multiple Windows, start no client, disable access cotrol, done.
2024-09-03 20:10:18
222
原创 UBUNTU WSL2 win11 install Python2
mannually package installation：wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.18/Python-2.7.18.tgzsudo tar xzf Python-2.7.18.tgzcd Python-2.7.18sudo ./configure --enable-optimizationssudo make altinstallReferences：[SOLVED] Install python2 on ubuntu 23.04 ?
2024-09-03 19:17:43
434
原创 DTI FA
（以上转换DICOM为mif。若原始为nii.gz.bvec.bval, mrconvert -fslgrad bvecs.txt bvals.txt xxx.nii xxx.mif。而DICOM转NIFTI dcm2nii xxx）wsl2释放内存echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches。source 环境名/bin/activate。python3 -m venv 环境名。pip install 包名。
2024-09-03 16:13:09
462
空空如也
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