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RSS订阅原创 Python CT Brain
WL：level 中心位置 WW：窗宽。故a brain is W:80 L:40，0以下是黑色，80以上是白色。
2025-03-20 00:24:19
887
原创 torch_loss in classification tasks
先传递预测值、再传递真实标签。reduction可选择sum或者mean。可以传递indices或者概率的张量，前者一个样本对应一个数，后者一个样本对应一个向量，不需要设定参数，函数以同样的方式计算。例如：1）indices，识别为 2批次，每批次3样本（截图引用自文末reference1），然后标签（target）里的每一个数值对应一个样本。1）概率向量，识别为 1批次，此批次2样本（截图引用自文末reference1），然后标签（target）里的每一个长度为3的向量对应一个样本。
2025-01-14 21:52:27
318
原创 pd缺失值赋值填补及独热
2）dummy功能只在dtype非object的列中起效，如字符内容，而0或1构成的列不会再被处理；3）fillna可处理赋值None的缺失位置。1）赋值“None”可被识别为缺失值；
2025-01-12 18:22:02
152
原创 Restricted Cubic Splines_plot
RestrictedCubicSpline曲线实质是构建模型后，以自变量为横坐标，以模型代入自变量的预测结果画出纵坐标的曲线。对于一个事件的预测，例如逻辑回归，是对对数几率的回归。可以用Predict(fit, x,fun=exp)得到OR作y坐标，也可以不指数化，得到预测率作y坐标。RCS放宽线性关系，又指定拐点避免过拟合。（注：以下截图来自文末reference1）（注：以下截图来自文末reference2）（注：以下截图来自文末reference3）
2024-12-29 20:15:51
336
原创 Preprocess: nifti _ coordinate systems and affines （影像预处理：nii影像的坐标轴与仿射矩阵）
常以仪器中心为原点（0，0，0），三条正交轴，以。示意图为”scanner XYZ“坐标系。确定参考空间：坐标轴的起点、方向、单位。像素数组+放射矩阵+元信息。体素是有体积的像素。
2024-12-22 19:11:13
406
原创 Python_files
2）os.walk(top, topdown=True)遍历所有内容物，包括子文件夹的文件。1）os.listdir(path) 第一级目录的文件夹和文件，不会返回子文件夹的文件。
2024-11-24 14:08:26
186
原创 Python_string
re.match从开始查找，re.search从任意位置匹配。re.sub(pattern, repl, string, count=1) 查找后替换。
2024-11-24 13:12:52
325
原创 tensorflow2.1以下指定gpu版本安装-wsl
conda info --envsconda remove -n BrainIMG --allconda list pythoncd ~/MYDOC/Brain/conda create -n BrainIMG python=3.11conda activate BrainIMGconda install -y python=3.6pip install tensorflow-gpu==2.6.0 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install
2024-11-20 21:24:50
112
原创 Tensorflow2.1以上版本-wsl
第一个尝试模型来自kaggle monkira的笔记。【Reference 1】试训练，用预训练的模型作后续的IS相关处理。
2024-11-19 20:57:51
233
原创 WSL从安装miniconda到跳转jupyter
Windows的tensorF.不能用gpu，所以重新在ubuntu系统配置环境，目的是在ubuntu系统的jupyter中使用python，并使用GPU训练tensorflow及keras模型。2.11以上tensor不区分gpu版本和cpu，要使用gpu只能在ubuntu系统安装tensor。或者在windows安装2.10以及更早的tensorflow。配置 jupyter notebook --generate-config。windows中相关路径，已弃用。
2024-11-19 18:54:58
509
原创 2019_Computers in Biology and Medicine_DOI:10.48550/arXiv.19_Pharases and Techniques in Publications
A. For skull stripping, 50% of low value pixels to 0 and then stretch other values to have the peak of histogram at pixel with value 100 that corresponds to grey matter. B. For tumor segmentation, 仅作将最大值变换为100的处理。MF中心到边界的距离，在归一化及平均平滑前后差值的标准差，值越小提示越平滑。
2024-11-17 18:01:11
769
原创 2022_Circulation_PMID36124774_Pharases and Techniques in Publications
O_心脏瘢痕评估的非侵袭性“金标准”：采用轧延迟显影方法的心血管系统磁共振成像。“a contrast-free approach would provide many advantages, including a faster and cheaper scan without contrast-associated problems.” 简炼描述了非增强方法的优势：快、便宜、无对比剂相关的各种问题（过敏、肾功要求和影响等等）。
2024-10-19 20:31:44
513
原创 FSL交互界面在WSL2中不能显示
1）打开Xlaunch，Multiple Windows, start no client, disable access cotrol, done.
2024-09-03 20:10:18
178
原创 UBUNTU WSL2 win11 install Python2
mannually package installation：wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.18/Python-2.7.18.tgzsudo tar xzf Python-2.7.18.tgzcd Python-2.7.18sudo ./configure --enable-optimizationssudo make altinstallReferences：[SOLVED] Install python2 on ubuntu 23.04 ?
2024-09-03 19:17:43
253
原创 DTI FA
（以上转换DICOM为mif。若原始为nii.gz.bvec.bval, mrconvert -fslgrad bvecs.txt bvals.txt xxx.nii xxx.mif。而DICOM转NIFTI dcm2nii xxx）wsl2释放内存echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches。source 环境名/bin/activate。python3 -m venv 环境名。pip install 包名。
2024-09-03 16:13:09
384
空空如也
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