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RSS订阅原创 Linux系统frustratometor新安装使用教程
draw_links_path = "/home/user/software/Frustratometer/draw_links.py"改成自己的路径）draw_links.py（放在一个固定的路径如/home/user/software/Frustratometer中)generate_pml.py（其中的# 固定 draw_links.py 路径。红线为高度挫折所在（对应蛋白不稳定或者是作用位点，具体阅读文献），绿线挫折度较低。就会出现一个总的文件夹包含所有的源数据，可做进一步分析。
2025-12-12 12:34:48
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原创 linux安装openawsem教程
AWSEM对依赖包和python的版本有很严格的要求，一定要按照我们的环境配置文件中的版本安装复制我们的openawsem_env.yml到software文件夹下，打开终端就会以这个环境文件配置一个conda环境，但是有可能会报错，说pip失败什么的，有些依赖包没下下来，这时候我们都用国内镜像把这些依赖包都安装上完成后检查一下conda list对照这些list中的依赖包是否和openawsem_env.yml中的这些包的版本一样，很重要！
2025-12-11 14:43:19
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原创 linux系统通过anaconda安装 pymol教程
即可打开（确保是在自己的pymol的canda环境下，任何文件夹均可打开pymol）即可打开（确保是在自己的pymol的canda环境下，任何文件夹均可打开pymol）想要更多功能，可以在win上申请学术教育版。然后检查channels正不正确。清理缓存，确保从正确地址下载。Ctrl + O 回车保存。Ctrl + X 退出。
2025-12-10 20:41:37
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原创 linux使用和Anaconda安装教程（自留）
下载amd版安装包放入software（注意：一般浏览器中下载的会自动放入download文件夹，你也可以直接在download文件夹中操作终端）和自己win系统用同样的账号登陆（如微信）即可以从设备列表中操控linux（填写用户名和密码之后），用于跨机复制报错询问AI以及作图传输等等。设置--区域与语言--Language改成English(英国)，格式可不改，完成后重启。修改root密码也是同样的操作，把名称改一下即可(root的旧密码不同，机箱标签上自行查询）修复一下，完成后重复以上步骤。
2025-12-10 17:19:42
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原创 如何在pymol中保存高清图片
方法一：在GUI图形用户界面上方的控制台先选择"Draw/Ray"，里面可以选择好像素，像素（px）越高，图片越经得起放大，我用的2800*2000，可以更高一点的，然后dpi选择300，点击Ray(slow)后save Image to File,就可以导出了PNG。会保存一个xxx.png到和分子同一个文件夹下,原图如下。放大图如下，放文章里应该问题不大。方法二：在命令行输入。
2024-01-26 15:55:31
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原创 pymol中如何查看蛋白有几条链，以及如何拆分成多条链，或者合并成一条链
但是上述情况只适用于pymol中残基编号正确递增了的情况，如果不正确递增，可以手动在sequence里选中自己想分开的部分，在sele里命名好（比如lig），然后用下面的命令。显示结果：PyMOL>alter chain A and resi 1-244,chain="B"显示结果： PyMOL>print(cmd.get_chains())alter chain A and lig,chain="B"，然后。显示结果：PyMOL>set_name selelig,lig。
2024-01-26 11:03:40
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原创 关于我的linux安装软件包时常常获取镜像源失败
反正根据诊断就像是网络出了问题一样，但是朋友说也可能是源有问题，反正我把网络模式改成了桥接，然后用了上面博主的代码敲一下，他有时候就会莫名其妙的好了，能装软件了，我也不知道是什么原理，反正每次装不上的时候就试一下。希望有人能解答一下吧。
2024-01-10 10:59:32
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原创 Centos7安装MGLTools的血泪史
就是按照这个博主的链接教程做成功的，一定要记得install的时候，路径存放在全英文途径，不然后续打开分子文件一堆报错，linux这个史一样的系统，就是把“桌面”文件夹硬改成英文的，他就开始出错，因为原本的环境配置以及很多管理配置文件都放在了原来的路径下，非常麻烦，还得重装，哭死。我的MGLTools存放在了/usr/local/MGLTools-1.5.7 ，是在安装程序中默认的，当时就心想试一下的，就成功了。
2024-01-10 10:56:29
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原创 安装开源版pymol、MPEG encoder missing.The FreeMOL add-ons may not be installed.Encoder ‘ffmpeg‘ is not
在跟随其他大佬的帖子下载开源版pymol的时候，发现了anaconda版本和pymol版本不兼容的情况，最新的anaconda版本conda下载pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl之后，显示出的pymol窗口是这样怪异的版本，命令窗口和图形窗口可以分开，看分子都是正常的，但是导出动画视频的编码器出现了问题（如下图3.、4）详细下载过程是：进到你想下载pymol的文件夹，打开cmd或者powershell可以试一下。
2023-12-22 14:00:45
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空空如也
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